Жаль, что пока даже нет в планах, т.к. разделом договоров действительно пользоваться пока не удобно - приходится часть держать здесь, а часть у себя на портале. 

Не уверен точно, как предлагает решить эту проблему Ирина, но думаю наличие возможности создавать вложения к договору (приаттачить свои файлы) решило бы эту проблему.

Поддерживаю.

Очень неудобно, когда нумерация отличается от той, что предполагали разработчики.

У нас нумеруется 1-13, где первая цифра - это порядковый номер, далее год. Наращивается, соответственно, год.

Или хотя бы сделайте настройку отмены автоинкрементирования номера, т.к. в таком случае она только мешает.

Согласен с во всеми высказавшимися.

Можно еще доработать и сделать так, чтобы было несколько темплейтов, например:

"Счет выставлен на основании договора №<Номер_договора> от <Дата_договора>."

Ну а для акта даже стандартной фразы хватит, как выше написали.