А как можно разрывать бухгалтерию и выдачу ЗП для малого предприятия?

Если нет возможности формирования этих документов, так хоть сделайте возможность выгрузки данных данных в 1С. А то постоянно необходимо дублирование "первички".

Вообще хотелось бы иметь взаимный Импорт и Экспорт. 

Очень надо. Было бы не плохо еще наладить и взаимодействие с базой контрагентов, так как на сайте они могут сами регистрироваться, переносить каждого, как то не охота, да и нужны та только те кто оплачивает.