Программа на сайте ФНС требует подписывать свои заявления ЭЦП. Кроме того, что ЭЦП нужно получать лично - что немалая потеря времени, она еще и не бесплатна (от 1500 р. за год), а кроме того -  не бесплатен и сам криптографический софт, подписывающий контейнер с документами. (он еще и только под виндовс написан).

Учитывая то, что ЭЦП в Эльбе, чаще всего, пользователем уже получена, канал коммуникации с ФНС отлажен - очень логично провести процедуру закрытия ИП через тот же сервис, каким пользовался для сдачи отчетности. Даже если это в большинстве случаев будет означать "прости-прощай" к налоговой и к Эльбе :)