Данные ОКАТО и КБК нужны только для уплаты налогов и взносов в бюджет, у юридических лиц и ИП данных реквизитов вообще не должно быт

Если у вас нет номера ТФОМС, то просто его не указывайте.

А в чем у вас проблема? В Эльбе же формируются не только платежные поручения, но и квитанции для оплаты через Сбербанк.

На сегодняшний день у нас уже есть такое приложение для iPad:http://www.e-kontur.ru/blog/205

В Эльбе все показатели, которые нужны для расчета налога и так редактируемые, в том числе вы сами указываете уплаченные авансовые платежи. Они отражаются в задаче заплатить налог УСН на этапе "Расчет суммы налога". 

Такая возможность уже давно есть. Когда вы создаете поступление или списание по кассе, Эльба позволяет сформировать ПКО и РКО по таким операциям: http://clip2net.com/s/1qQqf.

Кассовая книга - отражает движение по кассе, а не по расчетным счетам, т.е. в нее в принципе не попадают операции по банку.

Такая возможность в "Эльбе" как раз таки реализована. Но наименование счета указывается не на этапе создания самого платежного поручения, а когда вы переводите платежку  из статуса «не оплачена»в статус  «оплачена», тем самым перенося  списание в раздел «банк» (http://clip2net.com/s/1oBAd).

Возможность добавления нескольких расчетных счетов для контрагентов в Эльбе действительно пока не реализована.

За чем Вам ПКО с нулевой суммой? Если за день выручки не было, то составлять ПКО и отражать его в кассовой книге не нужно.

Сделали!