руками можно. Каждое отдельно прокликать. 

Случайно довольно сложно отправить.

Добрый день. Какие данные отправляются из КП в КЗ? 

Остановить отправку писем из КП в КЗ не сломав интеграцию нельзя. При этом отправляет КП в разы медленнее чем КЗ обрабатывает. Вопрос в том, как и зачем отправили заново все ИД. 

Если вы уверены, что все эти письма старые и некорректные, то вы можете удалить их. Если интеграция функционирует корректно, то новые данные продолжат приходить из КП в КЗ.