Создать счет-фактуру можно. Это понятно. Непонятно почему её нельзя сделать, если не поставить галочку "Без НДС"? А самое интересное, зачем тогда вообще эта галочка при создании счёта? После её установки всё равно надо ещё выбирать НДС.