Этот вопрос уже пол года "на рассмотрении".
Что там рассматривать столько времени, хочется узнать?
Несколько счетов в разных банках - это обыденная ситуация. Три четверти фирм так работают.
Какие средства воздействия на программистов нам доступны?

Это же очевидная необходимость! Я ещё летом задавал вопрос, обещали к сентябрю сделать. Уже вторая декада октября началась, а всё никак.
Из за этой недоработки люди путаются и возникают вот такие темы .

Такое происходит, если Эльба не распознаёт контрагента. Например, если у контрагент несколько счетов и он оплатил не с того, на который выставлялс счёт. Либо назавание контрагента, выгруженное из банка не совпадает с тем, что вы заводили вручную. Эльба почему то не смотрит на ИНН, а сама создаёт нового контрагента.
Поскольку вы выписывали счёт на другого контрагента, то разделе "Связать со счётом" ничего не отображается. Вот в этой теме  поднят вопрос.