Согласен.

Как бы сделать, что бы была возможна привязка к одному и тому же договору из разных заявок.

Т.к. договор с клиентом один на все века, а Заявки идут к нему на каждую перевозку (Соответственно счета, акты, фактуры уникальны для каждой заявки, а договор один на много заявок).