ваше утверждение не совсем верно. Мы формируем отчетность в ПФР и ФСС за сотрудников, а также рассчитываем заработную плату. Сколько платить по патенту — вы и сами знаете. КУДиР может понадобиться только в случае проверки (о которой налоговая предупреждает), но они бывают довольно редко.
По кудиру проверяют только 2 момента, что доход не превышает 60 млн и что доходы относятся к патенту.

да, вы правы
упоминали это в статье http://www.e-kontur.ru/enquiry/7

Простите, 60 миллионов.
Налоговая об этом узнает, если придёт с проверкой.

Как подсказывают мне наши аналитики, на КУДиР особо никто не смотрит)
Главное чтобы ваш доход за год не превышал 60 млн рублей. Вы можете скачать наш КУДиР и немного поменять титульный лист руками. И всё будет хорошо. образец КУДиРа для ИП на УСН здесь https://yadi.sk/i/dSYO-yBvfeDRz

Взносы ИП за себя в ПФР точно такие же. В налоговую ИП на патенте платит заранее известную и фиксированную сумму. А если у ИП есть сотрудники, то в ПФР и ФСС чуть-чуть другая отчётность. В ПФР там отдельный код категории, а в ФСС не нужно платить взносы на травматизм, например.

Добавили льготу ИП на патенте, теперь можно формировать у нас отчетность в ПФР и ФСС за сотрудников, а также рассчитывать заработную плату. Для этого во вкладке «Реквизиты» → «Для отчётности» → «Для уплаты страховых взносов» нужно указать в льготах «ИП на патенте, за исключением сдачи в аренду, розничной торговли и услуг общепита»


В скором времени исправим КУДиР 

Вы всё делаете правильно)
Подскажите, в печатных формах каких документов, кроме счёта, ещё нужна информация о скидке?

В печатной форме счёта в строке наименования товара есть подпись с информацией по скидке 

Ура! Сделали скидку. теперь при выставлении документа, для каждой строчки фактурной части можно указать скидку. В печатной форме это будет видно только в счёте.