Для удаления учетной записи из Эльбы Вам достаточно написать запрос на почту технической поддержки e@kontur.ru.

Такая возможность в Эльбе есть. Для того, чтобы выставить счет-фактуру на основании счет, при создании счета просто поставьте галочку "Выставить счет с НДС". После этого в окне просмотра счета появится ссылка на создание счет-фактуры.