Номер платежки ставите когда в статус Оплачена переводите. Сам номер ставите либо в интернет банке, или в самом банке, если относите вручную.

Те, типы операции, которые есть в платежках, есть и в списании по банку в раздела "деньги".

Теперь есть поиск, если ввести в него нужный тип операции, то он выдаст все операции с таким типом.

В системе есть как входящие, так и исходящие документы.