Нет, все не так хорошо. Иначе не задал бы вопрос. Прочтите выше, в чем проблема.

Какие проблемы? Например, со стороны яндекса это выглядит так: выписан счет на Васю, по этому счету пришла оплата от Васи (как - без разницы: платежкой, внесением наличных, переводом банковским), выписали Васе акт. Неужели это невозможно? Да, в банковском платежке банк, но в назначении платежа есть атрибут YANDEX-PAY.

Нет, не так. Расход по карте - это оплата товаров или услуг. Соответственно, входящие документы - накладная или акт. Например: я оплачиваю картой рекламу на яндексе как ИП. Они мне по окончании выписывают Акт выполненных работ. И вот как раз здесь я не могу подвязать к нему расход по карте.