Вместо номера и даты выдачи Свидетельства Регистрации прописывать номер ОГРНИП и дату постановки на Учет. (Например: ОГРНИП 31ххххх00048103 от 16.03.2018) Т.е. указывать те данные, которые находятся в листе записи ЕГРИП (т.к.он призван заменить свид.регистрации)

Оставлять это поле пустым, как я понимаю, ошибочно. А внесение номера ОГРНИП позволит налоговой более точно идентифицировать ИП (продавца).

В реквизитах есть поле "ОГРНИП" и поле "Дата регистрации ИП". Вот их бы и использовать.  

Возможно, лучше было бы выделять разные группы контрагентов разными цветами. С возможностью задать цвет выделения. Что бы было видно этот цвет и при выставлении документов, и в списке уже созданных. 

По визуальному ряду проще ориентироваться, чем вчитываться в каждый счет и сделку. 

Так, например группу Ч/С выделить серым, Поставщиков синим, Покупателей желтым, Проблемных красным. 

Список тогда похож на цветное полотно, но вполне удобно. 

В ексель и 1с такое возможно.

Реализуется простым условным форматированием.