Как развитие идеи - для контрагента вводить коэффициент 0 для "учитывать в налогах". Например, теперь платежи из Яндекс-кассы должны проходить через Онлайн-кассу, и сумма пробитая по ней верная и правильная и ее нужно учитывать в налогах, а приход по банку от Яндекса не нужно будет теперь учитывать в налогах - его нужно занулять, как это вы делаете по умолчанию например с "Возвратом средств от поставщика".

Можно и не "0", а именно числовой коэффициент, но это для случая, когда Яндекс-касса или другой платежный агрегатор имеет одну комиссию для всех видов платежей.

Ну или не коэффициент "0", а "тип операции по умолчанию" для контрагента, а для типа операции вы уже прикрутите 0 коэффициент.