Спасибо!

1)02.07.2018-это срок перечисления НДФЛ ,т.к. конец месяца приходится на выходной.

2)Криминала нет, есть несоответствие букве закона. Программа должна все расчёты в соответсвие с законодательством, без обсуждений. 

3)Кто и что получит через год сейчас мало кого волнует. Через год кто-то и работать на этом предприятии не будет. Это уже философия какая-то. Мне нужны конкретные пути решения конкретной задачи, а не рассуждения о будущем.

Это то понятно. Как раз в июне начислены и выплачены отпускные. Срок перечисления НДФЛ -02.07.2018. Во второй раздел не попадает сумма отпускных, а в первый попадает, и в налоговый регистр попадает в июнь, и в 2_НДФЛ. И квартальная премия, начисленная в июне, но выплаченная в июле, не должна попасть в 1 раздел.А, если я её начислю в июле, то это уменьшит отпускные, сотрудникам , уходящим в отпуск в июле...

Да, по-хорошему, ни с чем. Только отдельно выписывать суммы б/л и отпускных и иметь их ввиду в те периоды, когда они выплачиваются в последний месяц квартала, и конец этого месяца приходится на выходной. Понятно, что это что зря, но что мы можем поделать, если этого требует законодательство?

По" принадлежности" -это за какой период начисляется? Как это настроить?

Кроме того, и в 2-НДФЛ и в регистр налогового учета эти доходы должны попадать на выплате