Здравствуйте.
"Типовые" настройки индексации в 99% случаев не позволяют корректно применить коэффициент индексации. 

Проблема очень просто решается настройкой индексации по сетке.
З.Ы. Если по некоторым сотрудникам повышение нельзя относить к индексации, то всем сотрудникам этого подразделения индексировать отпускные нельзя. Если в организации нет подразделений, то отпускные не индексируются никому. (ПП 922)

Можно было проще:

1. Убрать признаки разноски и выдачи для строки с выплатой (F3)

2. Восстановить признаки (F3, затем F6)

заново разнести доступ отдельно группе расчётчиков и отдельно особенному
расчётчику. Возможно я не прав.

Правы, но можно чуть проще:

1. Засветить ЛС, для которых нужно убрать доступ.

2. Ctrl+F9 

3. Засветить расчетчиков, которые не должны иметь доступ к выбранным в п.1 ЛС.  

4. Нажать "-".

Здравствуйте.

Как мне отключить запрос?

Ответ уже "прзвучал":

Ну или вручную уберите запрос из  вашего USKASLIB.S

Чтобы пользователи не "игрались" с настройками:

Здравствуйте.

В настройке "Исключение страховых взносов" у нас стоит 4

Если не хотите, чтобы взносы за март, как и потом июнь, сентябрь и декабрь не попадали в уведомления, что мешает поменять на "1"?

Здравствуйте!

Подскажите, пожалуйста, планирую перенести данные из старой БД в новую так как в старой много "мусора и косяков".

Смотря что Вы подразумеваете под "мусором и косяками".

От файлового "мусора", который за много лет эксплуатации КЗ накопился в папке RASCHET, можно избавиться простым восстановлением КЗ в "чистую" базу из страховой копии.

Есть ли какая ни будь автоматизация по:
1. переносу ЛС
2. данных прошлых периодов для начисления больничных отпускных

"Автоматизация" есть - таблицы разноски. А оно вам зачем? Можете подробнее описать задачу?

Здравствуйте.

Код дохода указывается здесь:

Комментарий убираете в настроечной таблице, или в сформированной?

Здравствуйте.

Поставьте символ * в 18-м столбце спецТВХ.