При списании стоимости реализованных товаров в расходы, отразите операцию списания по разделу «Прочие», указав в окне описания операции:  «Оплата суммы НДС по приобретенному товару и услуге». Тогда у Вас в КДиР будет отдельно указана стоимость реализованных товаров и сумма НДС.

Сейчасв Эльбе при формировании задач «Заплатить налоги с зарплаты за месяц Х» естьвозможность добавить платежные поручения в раздел «Бизнес» → «Платежки»,чтобы оплатить их позже одной пачкой, с автоматическим переносом их в раздел «Деньги».