Свой вид Н-У, который создали для МРОТ не входит в...

Добрый день.

Вы добавили вид "доплата до МРОТ" и суммы этого вида не попадают в расчет среднего для отпуска/компенсации?

А в 15 столбце ТВХ вы этот вид пометили символом 1?

Нет,не пометили. Какие ещё настройки проверить для этого вида.

Проверить налоги (ндфл, взносы должны браться)

Проверить что на доплату начисляется РК (11 столбец твх символ 1)

Если вас интересуют отпускные и компенсация при увольнении, то только 15-й столбец ТВХ, как написано выше.