1. Ну это ваше решение не давать вычеты сначала и давать потом. Мы так не рекомендуем.

2. Доходы разбиты на две базы (основную и р/к). Вычеты в первую очередь предоставляются на основную. На РК во вторую (если останется что предоставлять).
ФНС сказала, что им все равно как будут распределены вычеты между базами. Поэтому нами был выбран такой способ распределения (с приоритетом для основной).

Если автозаполнение не срабатывает, можно заполнить как надо в поле Трудовой стаж.
Судя по настройке автозаполнения ВОЕНСЛ. ОКУ там появляться не должно (ни льготные ни территориальные условия при автодобавлении не сохраняются). У вас точно ВОЕНСЛ появился в результате автодобавления?

Рабочее место заполняется там же где и год назад :)

увеличили

тогда я попроверил
Заполнение РК в справке о предприятии закроет проблему.

Вопрос: а у вас все таки стабильно один и тот же РК у всех или меняться может?
Можно указать РК в справке о предприятии один для всех сотрудников?
Кажется это должно решить проблему.

Посмотрите на пример UserAlg712(&info,&r) а usalg.s
Там пример как учесть поле КЧ изменяемое по времени (там пример расчета премии, если процент премии задается полем КЧ).

Единственное, что вам стоит учесть: у вас кроме ставки в общем случае может меняться БЗ если оклад задается через сетки.
Если оклад задается не через сетку, то 712 достаточно легко применить к вашей задаче немножко изменив

Надо ли напоминать что итоговые виды налогов заводятся на весь года? Дата начала-дата конца внутри года ставить не рекомендуется?

Поддержу Николая!
Единственная некорректность которая может быть в случае источников - это когда вы налога по источнику вернете больше чем удерживали с человека или вдруг решите удержать НДФЛ больше чем начислено зарплаты по этому источнику. Только в этом случае у вас начинается влияние налога на "перерасход средств по источнику".
Все остальное надуманное.
Есть зарплата А. Она идет из источника. НДФЛ удерживается из ЭТОЙ зарплаты и никакого влияния на источник не оказывает (до тех пор пока налог меньше этой зарплаты).