Пути налоговой неисповедимы.
"Возврат" это стандартная практика, прописанная в статье 231.
Возбудится ФНС и попросит что-то от вас для объяснения причин возврата или ничего не спросит - не знаю.
Ну даже если и попросит то просто покажете как возник возврат. "не было вычетов" - "появились вычеты" (это тоже достаточно стандартная ситуация).

сложно спорить, что не пользователь должен считать.
Только мы говорим о ситуации, когда у вас схлопнуты данные (в одно число в РВ вида), и хоть тресни арифметику не провести.

Удвоение возникает из-за того что РВ берется из вида начисления удержания общей суммой за месяц.
По этому РВ из вида, не определить за какой оно период календарных дней. Если взять ФРВ из двух видов из разных исп.должностей, то по этим двум числам невозможно сказать какая часть из них "повторяется", можно либо взять оба, либо игнорировать одно из них полностью. Поэтому если уж у вас настроено "брать из видов", то вариант "взять не все РВ из вида, а только какую-то часть" сложно реализуем (если вообще реализуем).

Если мы делаем настройку "брать из основной" - ок. Вы получите РВ стоящее в виде в исп.должности с "галкой" "основная должность".
Но если эта должность была не весь месяц, то "се ля ви". РВ будет неполным.
Брать ФРВ из видов - это "полумера", когда по каким-то причинам табельный учет не ведут, или ведут как-то "частично".

Если в 6-НДФЛ захотите чтобы возвраты показывались именно как возвраты их надо поставить в отдельный вид(ы). См. описание поставки 632.1 от 02.04)
В противном случае они будут просто уменьшать сумму удержанного НДФЛ. Проблем в этом случае возникать не должно так как скорее всего за счет других людей, у кого будет удержан НДФЛ в ту же самую дату, общего минуса не возникнет. Если бы был только один человек, то точно пришлось бы оформлять в лицевом как возврат, чтобы не возникал минус по удержанному в первом разделе.

Где же вы это прочитали.
Я же уточнил: а вам точно хватит настройки "бери с основного"
Недостатки:
1) галка "основное" имеет обыкновение "перемещаться" с исп.должности на исп.должность (без сохранения историчности) - а значит повторный расчет может потом дать другой результат
2) что делать с периодами из разных должностей, которые "не пересекаются". Странно же их игнорировать. Или такого у вас нет?

Вот поэтому я настоятельно прошу всех наших кураторов "под расписку" брать пожелания заказчиков, особенно если они расходятся со здравым смыслом. Чтобы потом заказчик не выставлял крайним специалиста по внедрению "это не мы, это внедренец, это Контур".
Вы себе можете представить ситуацию, что специалист по внедрению приходит на рабочее место клиента и начинает "по своему разумению" (потому что душа попросила?) менять поставочные настройки. Я - нет. Я видел разных специалистов, но таких - нет.

Если вы недовольны уровнем квалификации "куратора" или тем, на сколько он своевременно отвечает на ваш вопрос, вы всегда можете инициировать процесс замены куратора на другого.

Если вас не устраивает уровень оказанной тех.поддержки, вы тоже можете оставить обратную связь, когда и какую конкретно поддержку вам оказали некомпетентно.

Фраза "сплошные стажеры, за компетенцию которых должно быть стыдно" не дает ничего полезного ни вам, ни нам не дает возможности стать лучше. Просто уход в эмоции. А смысл?

Брать РВ "по основной должности" это просто реализуемая вещь, но вас она же не устроит.
Если у вас две должности одна из которых продолжает другую, или они пересекаются частично вы же захотите так, чтобы было суммарное РВ по "непересекающимся" периодам?