Зачем вам сейчас в КЗ paymentMethod?

paymentMethod будет реализован тогда, когда будет выпущена версия в которой будут хранится 100 сообщения. Чтобы брать тот paymentMethod что стоит в 100.
До этого момента реализация paymentMethod влечет скорее негативные последствия.
Связано это с тем, что Контур.Экстерн при импорте ОЗНС при отсутствии paymentMethod СКОПИРУЕТ его из соответствующего 100, и это именно то, что надо. А если paymentMethod будет исходно в файле, Экстерн его копировать не будет.

Резюмируя: зачем заставлять вводить бухгалтера то, что должно быть "один в один" как в исходном запросе, если бухгалтер не может это сейчас посмотреть (а мы проверить) в программе? 
Как следствие получить в Экстерне ошибку из-за того что paymnetMethod который выбрал бухгалтер не соответствует методу, что был в исходном запросе (если такая проверка уже реализована). А если не реализована, то получить ошибку уже после отправки.

когда отправили платежку, эту дату и ставите...
Никто не возлагает обязанности контролировать поступление денег на счет работника.
Дословная цитата из НК:
Налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате с учетом особенностей, установленных настоящим пунктом.
Выплата = когда вы перечисляете..., а не когда они поступили на счет, сотрудника.
Сумму по платежке вы ставите меньше на сумму НДФЛ, а значит НДФЛ в этот момент уже удержан.
ЕНП отражает информацию об "удержанном".

По-моему, все "проблемы" с НДФЛ возникают тогда, когда организация пытается "лезть не в свое дело".
НК четко определяет роль организации в истории НДФЛ - "исполнитель", посредник между налогоплательщиком и государством. 
При выплате дохода, правильно посчитать сумму НДФЛ, уменьшить выплачиваемый доход на эту сумму, перечислить удержанную сумму государство, отчитаться как исполнил свои обязанности - всё!

Если четко понимать свою роль в этом процессе, то не понятно откуда могут возникнуть "бредовые" (ну как минимум на первый взгляд) идеи вида:
- нам надо заранее знать сумму НДФЛ (чтобы что? Как это помогает исполнять обязанности налогового агента? Как мешает исполнять если не будете знать заранее?)
- сумма НДФЛ должна быть ровно 13% (у кого будут претензии и почему, если не будет равно ровно 13%? и какое отношение они имеют к контролю правильности выполнения обязанностей налогового агента?)

"-" надо не в отчете править, а в первичных данных.
Для этого даже таблицы массовой обработки есть.
Это помогает разгрузить память бухгалтера и не дрожать над отчетом "ой у нас там поправленные минусы", а в любой момент пойти и создать отчет заново.
Не говоря уж о том, что и любые подтверждающие отчет документы (реестры, регистры) покажут те же данные что и отчет.

+ добавим настройку что делать с НДФЛ "незахваченным" ведомостями (в части включения этих сумм в уведомления и 6-НДФЛ).

Разнести в Контур-Зарплате?
В ПФ-Отчет загрузить отчет с уже разнесенными рабочими местами?

По НДФЛ все остается как было.
Не понятно как показывать "исчисленный НДФЛ", если его невозможно исчислить.
Вы не выдали эту сумму отпускных, как и когда она будет выдана - не известно. А от этого зависит сумма НДФЛ.
Выдадите в этом месяце - будут вычеты этого месяца, выдадите в следующем - возможно будут вычеты следующего.... или ставка 15% вместо 13%.... или... или...

Да не надо мучаться ни с какими виртуальными ведомостями...
1. Сделать полноценную ведомость... временно....

2. Сделать уведомления
3. Удалить временную ведомость.

Готовим поставку с настройкой, которая позволит не включать в уведомления суммы налога не захваченные ведомостями.