При расчете "аванса" (за первую половину месяца), НДФЛ рассчитывается только с целью, чтобы при окончательном расчете за месяц, организации "не было мучительно больно" (было что удержать и заплатить). Де-юре, при выплате аванса НДФЛ не удерживается и уж тем более не перечисляется (исключение одно - аванс выплачивается в последний день месяца). Именно поэтому при расчете аванса есть опция, позволяющая результат расчета за первую половину месяца сразу же поставить на 301 вид и, соответственно, пользоваться ведомостью по выплате аванса. Тем самым получится, что аванс выплачен, а НДФЛ не удержан. Этот НДФЛ "зарезервированный НДФЛ" потом заберет в себя зарплатная ведомость по итогам месяца.

Исправлено в 597.26 07.09.2018

1) По отпускным так того требует НК и порядок заполнения 6-НДФЛ. Да они попадут в первый раздел. но не попадут во второй раздел. Это вопросы то не к программе, а к тому кто выпускает странные письма с еще более странными разъяснениями (про то, что раздел 2-ой должен заполняться по 120 строке)

2) По квартальной премии совет тот же - начислять когда выплачиваете. А время начисления ну никак не должно влиять на сумму среднего. Если Вы задерживаете выплату годовой премии это разве уменьшает сумму среднего для отпусков тех работников, которые сходят в отпуск до того, как начислят годовую премию за прошлый год? (нет не уменьшает, просто после доначисления годовой премии отпускные подлежат перерасчету).

1) В базе спокойно пересчеты можно делать лет за 10 совершенно спокойно. Тем более что страховые копии никто не отменял.

2) По тем людям по которым вы забыли выставить СОУТ поступать можно двумя способами: 

а) "забыть и простить ПФ излишне уплаченные доп.взносы"

б) актуализирвать информацию в кадровой части тех сотрудников, по рабочим местам которых производилась спец.оценка. После этого делаете пересчет, пересдаете отчетность в ПФ, спрашиваете ПФ, что делать с доп.взносами, можно ли зачесть доп.взносы с одного КБК на другой, или придется заплатить взносы снова по КБК, имеющему отношению к СОУТ и написать заявление на возврат излишне уплаченных взносов по КБК имеющему отношению к доп.взносам без СОУТ.

Если смотреть на суть этих доп.взносов и спец.оценки, то ваша совесть чиста и все деньги (даже с излишками) заплачены. Потому что смысл СОУТ в том, чтобы поощрять организации к повышению "безвредности" рабочих мест путем уменьшения доп.взносов. То есть ставка по доп.взносам без СОУТ она самая высокая, ставка с учетом СОУТ может быть разве лишь меньше. Поэтому на мой взгляд надо отталкиваться от того: сильно ли хочет организация вернуть переплаченные взносы, каков их размер, и "стоит ли овчинка выделки" (отобьется ли возня с корректировками и заявлениями в ПФ, суммой возвращенных взносов).

тут видно, что мат.выгода посчиталась из предположения, что у вас беспроцентная ссуда. Процент то по ссуде точно указали?

Надо просто вести учет отпусков, на вкладке "Отпуска". Таблица сама все возьмет. Она увидит что используется эта функциональность и будет брать дни не из поля кадровой части, а посчитанные на вкладке "Отпуска".