Есть возможность существующими настройками сложить в одну строку?

Или так (если должности совсем "одинаковые"):

Строки с удалёнными выплатами остались в ЛС или в таблице "Просмотр выданных сумм" (которая по Alt+D)?

Если речь про суммы в ЛС, то их надо очистить руками или массово - с пом. таблицы "Очистка сумм в ЛС" 

В таком случае значит только заносить в ручную?

Зачем? 

Принимаете в таблицу БЗ всех нужных видов с суммированием и разносите результат в поле КЧ. Всех "делов" минут на 5.

Подраздела 1.2 в КЗ пока нет.

Используйте поле КЧ:

СОУЗ не могут быть "привязаны" к подразделению (ИМХО), т.к. в каждом подразделении есть разные ШЕ, у которых могут быть разные условия занятости. Поэтому настраивать соответствие надо либо на уровне должностей (в справочнике должностей), либо на уроне лицевых счетов (указывать в кадровой части). Оба варианта подробно описаны в инструкции.

В отчете не определяется код категории и ПКГ

Возможнуе причины:

1. В справочнике должностей данные по должности "АКУШЕРКА" заполнили не для того подразделения.

2. В КЧ не указана должность, или (что вероятнее) должность привязана не к тому подразделению.

есть такая возможность, чисто теоретически, не начислять определенный НУ за первую половину, а ставить сразу всю сумму при полном расчете?

Если этот вид рассчитывается пропорционально отработанному времени, то как вы сможете узнать ФРВ для "полного" расчета? Табеля за вторую половину ведь нет.

З.Ы. Чисто теоретически, можно, конечно, добавить в алгоритм расчета этого вида условие типа:

если info.b3==B3_HALFMONTH то ФРВ за первую половину = НРВ за месяц. Тогда сумма по виду посчитается за полный месяц без учета всякого рода возможных неявок в месяце. А при окончательном расчете, если эти самые неявки были, пересчитается в сторону уменьшения. Но тут вы рискуете выплатить больше положенного. Вопрос: кто будет гасить долги работников? Бух и своего кармана?

Как обычно (хоть мильёнстотысяч раз в месяц ;)) ): "Отчеты" --> "Справки по ЛС"  --> "F7" -->  "2015-Табель учета раб.времени (0504421)". 

Для отражения ФРВ за первую половину м-ца в Форме 0504421 предусмотрена колонка:

З.Ы. Только все утвержденные (вернее - "рекомендованные") формы табелей, в т.ч. и Форма 0504421, подразумевают что середина месяца - ВСЕГДА 15-е число (ст. 192 ГК РФ). Поэтому и "аванс" вы должны всегда считать за отработанное время с 1 по 15 число. Ну чтобы "концы с концами" сходились.