"-" надо не в отчете править, а в первичных данных.
Для этого даже таблицы массовой обработки есть.
Это помогает разгрузить память бухгалтера и не дрожать над отчетом "ой у нас там поправленные минусы", а в любой момент пойти и создать отчет заново.
Не говоря уж о том, что и любые подтверждающие отчет документы (реестры, регистры) покажут те же данные что и отчет.

+ добавим настройку что делать с НДФЛ "незахваченным" ведомостями (в части включения этих сумм в уведомления и 6-НДФЛ).

Разнести в Контур-Зарплате?
В ПФ-Отчет загрузить отчет с уже разнесенными рабочими местами?

По НДФЛ все остается как было.
Не понятно как показывать "исчисленный НДФЛ", если его невозможно исчислить.
Вы не выдали эту сумму отпускных, как и когда она будет выдана - не известно. А от этого зависит сумма НДФЛ.
Выдадите в этом месяце - будут вычеты этого месяца, выдадите в следующем - возможно будут вычеты следующего.... или ставка 15% вместо 13%.... или... или...

Да не надо мучаться ни с какими виртуальными ведомостями...
1. Сделать полноценную ведомость... временно....

2. Сделать уведомления
3. Удалить временную ведомость.

Готовим поставку с настройкой, которая позволит не включать в уведомления суммы налога не захваченные ведомостями.

Если что, то это подтверждено устными ответами СФР на вопросы заданные клиентами в ХМАО по этому поводу. Ставить 50

это же печать "для себя".  ФНС эту печать не примет. Для ФНС печать в машиночитаемую pdf417.
Вам правда "для себя" так важен правильный штампик формы? (не к тому что править не будем, просто хочется понять "зачем"?)