Добрый день, Ирина!
Ответ на ваш вопрос очень сильно зависит от формы квитка который вы используете.
Можете назвать номер шаблона квитка?
1) в списке квитков Ctrl+A+A для включения служебного режима.
2) сдвинуться вправо до конца и посмотреть номер
3) отключить служебный режим Ctrl+A+A

не понятно в чем состоит вопрос.
Среднесписочная численность считается в программе по правилам расчета среднесписочной численности утверждённым Приказом Росстата от 22.11.2017 N 772 (ред. от 29.12.2018)

В данном случае выплата суммы за счет организации это действительно "хотелка" конкретной организации. Эта сумма не будет считаться "пособием", она не будет исключаться из базы для страховых взносов. То есть эту доплату надо проводить другим видом, не тем, за счет которого проходит оплата первых 3 дней.
Если ситуация "разовая", то можно завести специальный вид начисления, настроить его обложение страховыми и НДФЛ и ставить туда желаемую сумму оплаты.

Предположение 2 это не совсем предположение.... это ответ представителя ФСС, которому можно верить. Мы задавали вопрос, почему отсутствует режим "дайте нам все ЭЛН по страхователю". Это было названо основной причиной.
Те сотрудники ФСС, которые требуют заполнения всех ЭЛН преследуют свои цели :), но право работника не заявлять/не предоставлять ЭЛН никто не отменял (хотя в данном случае правильнее реализовывать это право просто не прося больничный при обращении в ЛПУ).

С другой стороны Предположению 2, немного противоречит подход в реализации кабинета страхователя. В кабинете страхователя мы видим все ЭЛН выписанные на страхователя (заявления от работника не требуется). Можно сказать, что разработчики кабинета страхователя "пользуются служебным положением" и обеспечивают чуть большую функциональность, чем доступна простым смертным.

Светлана, а мы сможем это сделать? Давайте поймем что мы можем сделать.

Сверка СЗВ-М, СЗВ-СТАЖ и РСВ это же по факту сверка файлов установленного формата.
В СЗВ-М у нас есть только ФИО, ИНН и СНИЛС... ничего другого в СЗВ-М нет. Как по этим трем данным определять "вредность"?
В СЗВ-СТАЖ в нашем распоряжении записи стажа
В РСВ - данные третьего раздела.
Можете в терминах параметров строки стажа для ПФ и данных третьего раздела РСВ сформулировать в каких ситуациях вы хотите увидеть предупреждение?

Вообще говоря, сейчас в программе ДЛОТПУСК автоматически поставится на месяц, когда у человека есть основание для начислений доп.взносов (поставлен не нулевой код статуса для дополнительных взносов ПФ) + самих взносов нет. Есть ощущение что если СЗВ-СТАЖ заполнялась из программы, то с ДЛОТПУСК должно быть все хорошо.