1 нужно ставить в настройке  Разбивать удержания по группам?

попробуйте поставить 1 в Настройка -> 5. Настройки таблиц и форм печати -> 3. Настройки платежных (кассовых) ведомостей -> Печатать ЛС с нулевыми суммами к выплате

опишите пошагово как воспроизвести "не работает"

вы не ответили на вопрос

"разные виды выплат (для каждого банка) для чего нужны/как используются?"

Кто бы догадался что там есть фильтр.. :)

В остальном все ок?

Думаю у вас просто отфильтровало сотрудника т.к. сумма к выплате=0

Уберите в столбце 3 знак > для столбца filtr и проверьте

При передаче в банк в можете выделить (insert) несколько ведомостей..

разные виды выплат (для каждого банка) для чего нужны/как используются?

Есть опыт работы с подобными организациями... но для каждого банка отдельный вид выплаты не делали. 

Разделяли выплаты только по критерию: аванс, межрасчет, окончательный расчет

Добрый день.

поле "Взыскано" не заполняется

Вы формируете "ведомость по виду", выбранный вид не является взысканием, поэтому сумма "Взыскано" не заполняется - все "законно"

есть какой нибудь вариант

Вам нужно отказаться от вашей текущей схемы (не переность сумму зп на определенный вид) и формировать ведомость "по набору видов"/"ведомость на зп".

Ведомость сама разнесет выплаченную сумму на указанный вид.