включается вся рассчитанная сумма ночных

В текущей реализации нет варианта расчета от "фактически начисленных" сумм.

Реализован расчет  по ставке либо по нормативному заработку.

Как рассчитывается у вас доплата за ночные и в каком размере она должна включаться в расчет сверхурочных?

Если хотите использовать поставочный алгоритм- поставить 14 и указать параметры.

Если хотите использовать 514 - нужно обратиться к автору алгоритма ( наверное это сопровождающий специалист..)

При возврате излишне удержанного НДФЛ может быть по другому?

Сумму возврата нужно поставить в одну из строк 19*..

а 166 строку обнулить

После пересчета и настроек  по ТН 147 должны получить такую картину

Доходы по ставке 13%

А почему вы не выполнили пересчет по 345 виду?

В настройке 205 алгоритма у видов 298,305,345 признак учета должен быть 0

Выложите сохраненку с ЛС по которому у вас вопрос.

Добрый день.

"Премии и иные выплаты" нужно отметить в столбце ТВХ (например в 25ом) ненулевым символом и  указать номер этого столбца в параметре 14 алгоритма.

В настройке указать способ расчета 1 или 2

"Способ расчета сверхурочных" (Настройка -> 4. Настройки параметров расчета -> 7. Дополнительные настройки по расчетам видов Н-У)