Мне нечего добавить к написанному выше

Если сомневаетесь - напишите письменный запрос в КО или аудиторам.

З.ы. письма не обязательны к исполнению

Это устаревшие виды, которые использовались  "для расчета ндфл по выдаче в 1999 году"

Можете удалить их из ЛС ..

Новой информации нет и не ожидается, до тех пор пока не реализуют новые квартальные отчеты.

Как необлагаемая выплата может влиять на средний для БЛ?

про командировочные расходы (проезд, гостинница и т.п.)

Вы уверены, что это нужно проводить через зарплату?

(Я всего лишь "программист" и не знаю всех тонкостей бух. учета)

Если да - добавляете отдельный вид и проводите..

Подскажите, пожалуйста, должны ли эти командировочные расходы и суточные быть отражены в разделе 1.3 формы ЕФС-1?

Этот вопрос уточните у СФР ..

Для чего он так делает не понятно

Чтобы показать, что  изменилась фикс. часть (либо какая то другая ключевая информация:должность, подразделение, категория..)

Как настроить что бы было одной строкой?

Через настройку " Для одной исполняемой должности формировать только одну запись"

(Настройка -> 5. Настройки таблиц и форм печати -> >> Справки и отчеты для ПФ (страховые, персонифицированная...) -> >> ЕФС-1 -> 2. ЗПГос сведения о заработной плате) 

Вы понимаете, что сумма "всего начислено" может включать необлагаемые суммы? и начисленная сумма за январь не имеет никакого отношения (будет не совпадать) к  доходу (для НДФЛ) за январь..