Как не учитывает? Вы же сами написали, что у вас считает не за полностью отработанное время, а за 112 часов. Проверил на ЛС. Поставил в табеле букву Б (по другим нерабочим символам тоже отрабатывает) - доплата до МРОТ посчиталась меньше (пропорционально РВ).

Должности находятся в файле ZPL\T_Src\t_doljn.val. Если будете делать сетевой вариант, то этот файл надо переписать в сетевой каталог ZPL. Потом на локальных рабочих местах в файле registry.tab поставить "О" для этого ресурса (после чего не только должности, но и источники финансирования и объекты будут общими).

Вид можно завести любой в пределах начислений, а если заводите среди удержаний, то не забудьте поставить в столбце С23 специальной ТВХ букву "Н" (Начисление). Поскольку он будет считаться после видов начислений, поставьте порядок 100 или 130. Налоги будут браться, поэтому ставим 2000.

По данному ЛС (ТН=174) у вас только одна разнесённая на кассу сумма (посмотрите в ЛС по ALT+D).

Эту сумму (сумму отпускных) программа и видит. Её она и берёт в 6-НДФЛ. Больше никаких сумм у этого ЛС через кассу не проходило.

Как мне подсказали: можно вытащить письмо из "обработанных" обратно во "входящие".
Заходите в приказы,
далее - Shift+F9 (или прост F9 - посмотрите по контексту) - Отбор
ставите галочку "все" и переносите приказ в необработанные по Shift+F3.