В первую очередь вид должен быть исключаемым из расчетного периода больничного листа, и лишь после этого его имеет смысл указывать в справке для больничных.

Запустите расчет среднего для декретных и убедитесь, что период 206 вида у вас не исключается из расчета среднего, так как 206 вид не упомянут в настройке "виды периоды которых исключаются из расчета среднего".

Нет-нет. Речь точно о 6-НДФЛ?

Какая-то ошибка в программе. 6-НДФЛ не проверяется CheckPFR, она проверяется нами только по xsd-схеме ФНС. 

6-НДФЛ за 2017 год? Включен новый формат 6-НДФЛ? (Настройка -> 5.  Настройки таблиц и форм печати -> >> Справки и отчеты для ФНС (НДФЛ и т.п.) -> 2. Настройки 6-НДФЛ -> Как печатать форму с 2017 года)

Еще ее можно проверить программой ФНСTester (https://www.gnivc.ru/software/software_ul_fl/program_tester/), но это если Вы ее отдельно поставите и отдельно самой ей проверите, так как она не предлагает режим вызова из командной строки, поэтому мы не можем ей проверять из Контур-Зарплата. 

Он не безопаснее, он правильнее. Возьмем ваш любимый январь. Оклад 10000. Ваше начальство с какого-то перепуга решило, что на первую половину января приходится 5000, хотя в первой половине всего 5 рабочих дней а во второй 12. То есть переплата аванса где-то в 1.7 раза. 

И непонятно из-за чего все эти премудрости? Может быть ваше начальство просто не понимает как правильно считается зарплата за первую половину месяца?

В отладке то точно прошлись? У вас в самом начале расчета проверяется наличие строк аванса (201 и 222) и если их нет, то расчет не выполняется.

Весь аванс не анализировал, но есть ощущение что расчет за первую половину месяца даст тот же самый результат, если конечно настроить столбец ТВХ по которому считать за первую половину.

Форма ЗП-Культура в данном случае совсем не причем. Точно так же у вас средняя численность внешних совместителей формируется и в своде, и в любом другом отчете где выбирается средняя численность.

Для внешних совместителей несколько вариантов расчета. Даже кода расчета среднесписочной для них два (4 и 9). Какой из них выбрали Вы?

Данные для расчета программа выбирает из табеля, поэтому "ставлю количество часов" и не помогает, если Вы под этим подразумевали "ставлю в рабоче время вида начислений". Откуда программе знать за какой период указано данное рабочее время? За весь месяц? За полмесяца? Поэтому при расчете используется только табель.

Указывали ли Вы в первом случае хотя бы "Ставку" на которую работает работник (поле кадровой части на вкладке исполняемых должностей)?

Сертификат организации точно корректно указали? Попробуйте в настройках заново выбрать сертификат организации.

Можно не оставлять пустым. Можно оставить как есть заполненным. Смысл в том, что если какой-то сертификат заполнен в настройке организации, то для лицевых счетов относящихся к этой организации будет использован именно этот сертификат. А для тех у кого сертификат в организации не заполнен будет браться сертификат из настроек ЭЛН.

Если программа знает что Иванов относится к Организации 1, ей несложно взять сертификат из Организации1

Тогда зачем оно вообще там нужно?

Ну допустим у вас куча справок по организации, но это всего лишь обособленные подразделения. Вы хотели бы в каждое обособленное подразделение сертификат прописать, или один раз в настройке ЭЛН?

Не, нам конечно не сложно делать импорт и из такого полуфабриката. Но это неправильно. Это же означает, кто угодно может в текстовом редакторе набить что угодно и подсунуть этот расчетчику как ЭЛН подлежащий расчету. Крайним кто окажется при таком подлоге? 

Ну и это сейчас только возможно, когда мы с ЭЛН работаем напрямую при расчете больничного. А в версии где мы храним полноценные ЭЛН в реестре, мы вообще не будем знать под каким соусом этот полуфабрикат обрабатывать.

Проведем разъяснительную работу с Контур-Экстерн.

Скорее всего у вас в TABLREF лежит пользовательская форма печати БЛ FORMBL1.usr, которая была создана на основе поставочной, когда еще не было печати в Excel.

Либо удалите ее, либо оставьте текстовую печать.

Пользуетесь каким криптопровайдером? А в настройках ЭЛН выставили этот тип криптопровайдера?