Можете уточнить проверку чего с чем вы делаете.
В Разделе 3 "Сотрудники" можно в эксель выгрузить информацию с разбивкой по людям.
Может быть этой информации достаточно для сверки?

1) По первому разделу 6-НДФЛ вопросов нет? Там все сошлось? (периодами с 23 по 22)?
2) Вопрос по 160 строке из второго раздела? Вы смогли собрать удержанный НДФЛ с 01.01.2023 по 30.06.2023 и он отличается от того что видите в 160 строке?
А как вы собирали информацию "НДФЛ по ведомостям"? Может быть у вас есть какой-то НДФЛ болтающийся в ЛС но не захваченный ведомостями?

Воспользуйтесь таблицей "Реестр учтенных доходов для НДФЛ" в "Отчеты"-"Таблицы контроля".

После печати в сводной таблице можно выбрать нужные даты чтобы увидеть сумму НДФЛ за эти даты.

Светлана Александровна, никто не отрицает наличие у вас и вашего клиента потребности.
Но если такой возможности по умолчанию нет в программе, то надо понять делать ее или нет, кто будет делать и на каких условиях.

Уведомления как сущность, установленная и зарегламентированная нормативными актами делаются в точном соответствии с этими нормативными актами.
Программа Контур.Зарплата делает уведомления в точности так, как того требует текущее состояние НПА.
Потому что если вы это соберетесь отправить в ФНС, то собрано оно должно быть так как требуется для ФНС.

Возможность делать уведомления как-то иначе (не так как того требует НПА) - это "желание клиента", которое при возможности удовлетворяется отдельно, за отдельную оплату, по отдельному договору внедрения силами внедряющего специалиста а не командой разработки. Могут быть исключения из правил - мы понимаем что это требование не единичное, польза будет многим и тогда есть смысл привлечь команду разработки.

А еще такими вопросами мы выясняем: а исходная то проблема в чем состоит?
Потому что "создать уведомление два раза в месяц" это не проблема, а уже готовое решение, которое придумал сам клиент. Нам же надо знать исходную проблему, чтобы понять а нет ли альтернативных решений которые помогут клиенту получить желаемое, но при этом не добавляют лишней работы команде разработки.

Возможно главный бухгалтер "уведомлениями" называет информацию о сумме налогов которые были удержаны по состоянию на определенное число.
И желание главного бухгалтера можно сформулировать иначе: "можно ли в программе получить информацию о налоге удержанным за интересующий нас промежуток времени?".
И у этого вопроса будет уже другой ответ.
Уведомлениями это сделать нельзя, но есть "таблица контроля" - "Реестр учтенных доходов для НДФЛ".
Возможно, что главный бухгалтер получит все что он хотел из этой таблицы.

Надеюсь мне удалось до вас донести почему нам важно чтобы вы могли ответить "зачем?".

В столбце "0" настроечной таблицы скорее всего не стоит + для совместительства

Зачем? Она юридически под запретом.

А как превращать "праздничные дни" в часы в общем случае? 
Они же не обязательно "8 часов" работали?

VNC?

Отчет ведь не в старом интерфейсе готовите? (с какой-нибудь разбивкой по подразделениям или организациям?)
Есть ли в каталоге SCRIPT\forms модуль siozp_common и есть ли там (поиском по файлу) фрагмент кода вида:

GetKchValueCnfByDate(pole,pstable,strDate)
// pole - имя поля из настройки (должно совпадать с именем поля КЧ)

Татьяна, проверьте еще для начала на последней поставке. Если по-прежнему не попадает, то поддержу Николая - давайте сохраненку.