В постановлении сказано только про то, что отдельными строками подаются внутренние совместительства. Про отдельные категории в рамках одного совместительства там не упоминалось. Поэтому мы такой вариант не предусматривали.
Как сказал Николай сделаем вариант с разбивкой по категориям/строкам. Но с учетом того, что сегодня уже 10 (последний день сдачи реестров за ноябрь), то уже к следующей отправке.

Период задается относительными месяцами 0 - текущий месяц, -1 прошлый.
R_Summ выборку делает по внутреннему коду вида. 509 - внутренний код?

Период действия 104-ФЗ регулируется соседней настройкой:
Настройка -> 4. Настройки параметров расчета -> 4. >>> Настройки для больничных -> 1. Настройки расчета больничного листа -> Формула минимальной суммы б/л за месяц
Там уже все, что надо стоит: с 01.01.2021 там стоит 0 (как и до 01.04.2020).

Алексей, тут надо смотреть на задачу в целом. Что вообще хочется принимать в таблицу?
Если задача идет с формулировкой: принять в таблицу данные, так чтобы данные по отдельному совместительству были в отдельной строке таблицы - то правильнее и проще сделать, как пишет Игорь.

Пожалуйста! Приятно слышать, что наших клиентов похвалили и мы их не подвели :)

Сейчас фильтр есть только на количество смен. Нам показалось это разумным подходом:
Давайте на примерах:
1. Уволенные в прошлых месяцах - у них должны получить нулевое РВ, что приведет к нулевому числу смен, что приведет к фильтрации этой строки. 
2. Нулевая категория - это еще не факт что человек не подходит, это может быть "забыли завести категорию".
А вот у тех, кто на самом деле не относится к нужной категории не должно быть РВ отработанного в контакте с COVID, как следствие опять должны получить нулевое число смен и строки с такими людьми опять отбросятся.
3. Вашу ситуацию с экономистами можно же было реализовать "вылить воду из чайника и свести задачу к предыдущей": разнести в ЛС специальный вид Н-У в РВ которого поставить количество смен, а в БЗ - категорию и поставочной таблицей получать красивые реестры (в настройке как выбирать РВ в этом случае надо было бы поставить 14: выбирать из РВ смены, а из БЗ категорию)
4. Если в п.3 вы еще и периоды у строки будете корректно задавать, то, возможно(!), это нам с вами потом может облегчить жизнь при сдаче СЗВ-СТАЖ. Вы же помните что в стажевый период надо будет ставить "ВИРУС".

Если п.3 и п.4 вас не убедили свести задачу к поставочной, то можно клиенту перенастроить поставочную таблицу под себя (поставить условие приема на категорию).
Если не хотите восстанавливать при обновлениях, то можно сделать на копии. Скрипты переделывать не придется, если сохраните наименования столбцов такими же как в поставочной таблице. Можно даже аккуратно почистить от ненужных вспомогательных столбцов (РВ, число часов в смене, суммы). Для формирования файлов важно только то, что потом в файл идет: смены, категория, должность, снилс, банковские реквизиты.

Это ошибка в АРМ ФСС версии 1.8
Попробуйте отправить через Контур.Экстерн.
https://www.kontur-extern.ru/support/faq/31/797

18002 заменить на 9002, 18003 заменить на 9003

Если почитать руководство к этой версии АРМ ФСС, то там написано что повышающие коэффициенты не импортируются и их надо вводить руками.
Или обновиться на новую версию, про которую написал Андрей.