Если что, то это подтверждено устными ответами СФР на вопросы заданные клиентами в ХМАО по этому поводу. Ставить 50

это же печать "для себя".  ФНС эту печать не примет. Для ФНС печать в машиночитаемую pdf417.
Вам правда "для себя" так важен правильный штампик формы? (не к тому что править не будем, просто хочется понять "зачем"?)

Патчинг (автоматическое добавление рк при формировании отчета) для ГПХ появился в 624.5 от 24.01

Исправлено в 624.5 от 24.01

вы сами и ответили на вопрос: если был аванс на который январский вычет предоставлен - тогда будет ровно 13% в феврале. Это в точности совпадает с тем что я написал. Галочка не влияет на предоставления ПРОШЛЫХ вычетов, они предоставляются в любом случае.
Единственный способ не дать прошлый вычет на конкретный источник - не делать ведомость по этому источнику первой. Сделать ведомость по другому источнику. А потом уже по источнику куда "категорически" нельзя применять вычеты
На основании чего с классного руководства должно быть ровно 13%? НК един для всех

Какой вопрос, такой ответ.
Да.

ведомость зарплатная
Разносите в февраль?
Если да, то независимо от галочки за январь вычеты предоставятся. Галочка влияет на вычеты месяца когда доходы попадают в базу.
Ну то есть если ведомость с датой выплаты январь - не будут предоставлены вычеты за январь.
Если ведомость с датой выплаты февраль - январские вычеты будут даны безусловно, а февральские с оглядкой на галочку.

Не говоря уж об извечном вопросе: а какая разница на каком источнике предоставлены вычеты? Никто внятно объяснить не может чего их так эти вычеты беспокоят и на основании чего они ограничивают их применение какими-то источниками.