Добрый день, Анатолий.
Для ускорения решения проблемы лучше сразу прилагать вашу таблицу.
Доп.реквизиты сейчас из нужной строки вытаскиваются?
Если да, то есть смысл, поставить вытаскивание БЗ после столбца с кодом оклада.

Так как пользователю будет не очень понятно видеть код оклада не 104 (как он привык) а 4, то луче если в столбец будет вытаскиваться внешний код (Intern_To_ExternE(GetCode(inCode)));
Чисто для красоты есть смысл в этом случае имя поля сделать не IntCode а
ExtCode... ну и тогда где обращались к IntCode надо заменить на
Extern_To_InternE(ExtCode)

Тогда вытаскивать БЗ можно будет R_BZ(0,0,ExtCode);

Можно не ждать 600.1.
600.00 тоже должна нормально отработать. Тут есть: https://kz.skbkontur.ru/web_updates

Прописывать сертификаты в настройках хуже (в какой-то момент они поменяются и надо не забыть очистить настройку).

12 августа 2019 г. в 21:00 будет заменен сертификат ФСС по ГОСТ 2001 на продуктивном контуре ЭЛН. Не забудьте скачать и установить новый сертфикат ФСС по ГОСТ 2001!
https://lk.fss.ru/eln.html

Можно обновиться на релиз 600.00 или выходящее обновление 600.1

P.S. Если обновляться не хотите, то можно скачать и установить новый сертификат ФСС для ГОСТ 2001 и прописать его в настройках.

Если вы в запросе укажете что справку надо формировать по июль 2019, то в поле "по" у вас будет дата увольнения.
Что касается указания периода с 11.07.2018 - сложно однозначно сказать. Мы пошли по пути как считается средний, но похоже были не правы. Исправим.

В моем понимании ошибка, это когда что-то сделали, но работает неправильно (не так как задумывали).

Отсутствие какой-либо возможности это не ошибка.
Расчет отпуска по цепочке должностей в КЗ в принципе не делался. В частности потому что большинство клиентов на интеграции не заводят отдельных должностей при переводе.
Задача такая есть. Конкретные сроки сейчас назвать не могу. С учетом того, что за последние два месяца это минимум второй "сигнал" о востребованности этой функциональности, постараемся повысить приоритет у этой задачи.

При расчете запускаете как расчет обычного больничного (а не как продления).
Вводите номер продления и нажимаете "найти". Далее расчет как обычно.

Как-то странно не обновлять программу по полгода... упомянутые изменения вышли в конце января.
Мне даже стало любопытно как вы отчитались по 2-НДФЛ, как сдавали П-4 и справку по апрельской зарплате...

Отчет собирает статистику по зарплате относящейся к апрелю. Доплата за февраль-март сделанная в апреле никакого отношения к зарплате за апрель не имеет. Если вы включите ее в отчет вы исказите статистику (а потом мы все вместе удивляться будем что по статистике все оказывается много зарабатывают и благосостояние растет).

По порядку заполнения формы максимум что можно включить "по начислению" это премию за март выплачиваемую с зарплатой за апрель. Да и то это касается только тех, кто не успевает рассчитать своевременно ежемесячную премию и выплачивает ее с задержкой. То есть они просто до конца сдачи отчетности (до 20 мая) физически не могут посчитать премию за апрель, поэтому они включают премию за март.

Не стоит идти на поводу по любому запросу клиента. В данном случае налицо явное непонимание сути доплаты до МРОТ. За каждый месяц человек должен получать основной зарплаты не меньше МРОТ.
При этом пересчет за прошлые месяц влияет лишь на доплату того прошлого месяца, а не на доплату за текущий месяц.
Ну то есть если они пересчитали оклад за апрель, то пусть пересчитают не только оклад, но и доплату до МРОТ за апрель. Это будет правильно. А вот учитывать доначисленную сумму оклада в мае - неправильно.