С тем что у вас совпадают регистрационные номера ФСС для части организаций. ЭЛН же выписывается на конкретный рег.номер ФСС

Скорее всего вы не инициализировали таблицу как таблицу. InitialEmptyTable.
Только после этого начинаете создавать колонки и передавать в файл.

Представитель ЦА ФСС сказал сообщать им (в Москву) о всех случаях когда местные отделения ФСС требуют печатную форму.
Дословно:

Требовать не имеют права. О конкретных случаях обязательно сообщайте. Будем проводить разъяснительно-воспитательную работу

В таблице соответствия для подготовки сводов для 313 вида стоит фонд 99. Во многих "режимах" это аналог "мнимости". Поставьте 313 виду другой фонд и все встанет на свои места.

Ну это надо по факту внести существенные изменения в форму реестра. То есть разобраться  с тем как он устроить, скопировать поставочный текст, внести свои изменения.

Выделил вопрос в отдельную тему.

Вам надо в кадровой части указать к какой исполняемой должности относится вычет на детей.

Ну собственно в постановлении КС нет ничего, что противоречило бы "духу закона". МРОТ - это для "нормальных условий". "ненормальность" должна оплачиваться отдельно.
Просто возьмите двух сотрудников на одной должности, с одинаковыми обязанностями, квалификацией и т.д. Но один пахал ночью, по выходным и т.д. другой, по стандартной пятидневке. И тому и другому "доплатой до МРОТ" уравняете зарплату на уровне МРОТ? Какой тогда смысл первому идти работать в ночь и по праздникам если все то же самое он может получить работая в нормальном режиме?