Настройки у расчетчиков точно одинаковые?

Я бы скопировал базу полностью ( + создать отдельный ярлык для работы с этой базой), и удалил "лишние" подразделения. 

Тогда точно ничего не потеряете.

Добрый день!

Удалось воспроизвести... похоже на баг.

А можно ссылку на нормативный документ или официальное письмо ФСС, в котором говорится "новый год - это повод обнулить счетчик оплаченных дней для продолжающегося БЛ"?

Проверьте что в ЛС заведен и действует вид 354.

Если это так - выложите ЛС с настройками