Добрый день

Что такое обобщенный регистр и для чего он нужен?

Да,выполняете скрипт с машины главного расчетчика

1. Сделайте полную копию базы
2. Скопируйте файл KZ.User.dll  в ..\Raschet\Rscalt\
3. Войдите в программу
4. Shift+F4 - Выполнить код
5. Вставляете скрипт NetUserClasses().KillLs(815);
6. Жмете на молнию

Должны удалиться ЛС в подразделении 815...

Но  лучше разобраться почему перевод в лс. месяц выполняется так долго. 

Возможно, из за этого  и в остальных режимах КЗ работает медленно

На мой взгляд - да

это очень долго, что то не так с системой.

Перевод в сл. месяц 16 000 ЛС занимает около 3 минут

2.5 - наверно включают в себя создание архивной копии? 

Копии можно делать по расписанию ( например, в ночное время, чтобы не мешать пользователям)

Ведомость к увольнению берет сумму к выплате вот из этой ячейки

Сумма туда попадает при расчете увольнения.

Может вы после увольнения какие то перерасчеты делали?

если ндфл брать из ЛС, то он будет совпадать с налогом в ведомости.

Про то что "ничего и нигде не вылезет" я промолчу...