Если вы эти суммы выплатили сотруднику, то можно разнести дату выплаты с помощью таблицы  " Разноска даты окончательной выплаты"

(Отчеты -> Таблицы контроля)

"Таблицы контроля" (Отчеты) - Реестр учтенных доходов для НДФЛ 

В сентябре у вас часть дохода не прошла по кассе

Можете выложить сохраненку по сотруднику у которого база отличается, тогда определим причину 

Добрый день!

РК ПФ собирает для оплаты БЛ.

Т.е. им нужен "РК для ФСС"

Добрый день

В сетке 63

Добрый день.

В ближайших планах нет такой задачи..

Добрый день!

..должны представлять только на тех застрахованных лиц, у которых есть какие-либо особенности стажа

Процитируете этот момент из НПА?

Можно != Должны  (можно предоставить на всех сотрудников, даже если у них нет особенностей стажа)

Добрый день.

В ЛС завели вид 206, разнесли сумму возврата

Зачем? Достаточно было пересчитать "аванс"

Стали сверять базы в РСВ-1 и 6-НДФЛ за год

В общем случае базы НЕ будут совпадать.

как исправить ситуацию, выравнять базы?

Слишком много манипуляций было..

Без сохраненки вряд ли что то можно посоветовать, обратитесь к сопровождающему специалисту

Разобрались с вопросом?

Поставил буфетчица 

в ФРМР стоит  Должности прочего общеучрежденческого персонала медицинских организаций

в отчет прилетело Буфетчик 

ЧТО не так?

З.ы. вы скопировали скрипт из патча?