Если 1 апреля тут ни при чем и все таки хотите разобраться в вопросе, то обратитесь к сопровождающему вас специалисту

на расчет налога влияют 
0. Справочники -> Настройка НДФЛ

1. Настройка -> 6. Общие настройки системы -> 1. Настройки алгоритмов расчета.

2. "Настройки таблиц и форм печати -> 3. Настройки платежных (кассовых) ведомостей

можно их выгрузить с разных машин в excel и сравнить

но они могут отличаться только если в локальном ZPL\registry.tab стоит Л-локальный для ресурсов :

пришлите в закрытый tiket или в личку "сохранение настроек и выбранный ЛС" с обеих машин  (можно с галкой "Обезличить ЛС")

Компьютеры перезагружали?

в одной и той же сетевой версии с общими настройками и общими ЛС на том же человеке?

на ум приходит только беда с автономными файлами - их нужно отключить.
Если речь про разные ZPL то присылайте сохранение с ЛС где налог не считается (и последовательность действий)

Поставка 626.0 от 31.03.2024

Список изменений

Если в уволенное совместительство (в суммы или виды НУ) вносились изменения (выполнялся какой нибудь расчет) то флаг расчета/увольнения по нему мог сброситься. тогда сначала нужно поставить признак Р всему ЛС, затем посчитать за 1/2 месяца

исправлено  27.10.2023 релиз 623.5

но с ЭЛН работы не будет (КриптоПро не работает под wine)

по ссылке выше нет изменений

Поставка 625.2 от 12.03.2024

Список изменений