Пока звучит как "ничего непонятно".
Может быть какие-то более конкретные "непонятки" есть?
Давайте начнем с простого.
Вы и ваши бухгалтера понимают в чем разница между "фактическая выплата дохода" и "фактическое получение дохода"?
Фактическое получение дохода - это когда доход принимается к учету в налоговой базе. В этот момент НДФЛ начинает "видеть" этот доход и это влияет на сумму исчисленного НДФЛ.
Что является датой фактического получения дохода - у вас в НК целая статья есть, за номером 223.
Фактическая выплата дохода - это когда организация доход выплатила (платежка на перечисление ЗП, выдача через кассу и т.д.).
Про фактическую выплату дохода статьи отдельной нет. Но зато про эту дату мы точно знаем, что в этот момент мы должны уже удерживать НДФЛ..

Вопрос на засыпку: совпадают ли в общем случае дата фактического получения дохода и дата фактической выплаты дохода?
Правильный ответ: нет, не совпадают. Самый яркий пример: зарплата.

А что мы видим в письме?
"в том числе в виде заработной платы, которые начислены и фактически выплачены физическим лицам (получены физическими лицами) на дату представления расчета"
Что следует из выделенного жирным шрифтом? 
Если я правильно воспринимаю русский язык, то здесь ставится знак равенства между "фактическим получением" и "фактической выплатой" и я могу читать эту фразу и как:
"в том числе в виде заработной платы, которые начислены и фактически выплачены физическим лицам на дату представления расчета" 
и как
"в том числе в виде заработной платы, которые начислены и фактически получены физическими лицами на дату представления расчета"
Я читаю как второй вариант. Вы и ваши бухгалтера, почему то выбрали прочтение в виде первой фразы.

В пользу моего прочтения выступает: 
1) с прошлого года НК в части формулировок по получению/выплате дохода не изменился. И нет никаких предпосылок кардинально менять в заполнении 6-НДФЛ
2) В порядке заполнения 6-НДФЛ (и это в том числе видно и в письме) говорится про фактическое получение дохода
3) Если вы сторонник первого прочтения то у вас в тексте письма строится логическая связь вида: "В разделе 2 «Общие суммы дохода и налога по итогам налогового периода» Приложения № 1 указываются общие суммы начисленного и фактически полученного дохода," ->> "Из указанных положений следует, что налоговый агент отражает в расчете суммы доходов, в том числе в виде зарплаты, которые начислены и фактически выплачены физлицам на дату сдачи 6-НДФЛ.
Вы в логике перехода "нас просят заполнять по фактически полученному доходу, поэтому в форме надо заполнять по фактически выплаченному" не видите ничего противоречивого?
4) Письмо это не НПА. Хочу применяю, хочу не применяю. 

Отказ от приема 10значных явно нарушает их собственных требований к формату: \d{10,12} - то есть они ждут от 10 до 12 цифр.
Дополнение нулями до 12 было сделано скорее "по аналогии" с реестрами ПВСО. Но в реестрах ПВСО там только 12 символов. Поэтому такая аналогия была не очень законной. Мы скорее смотрели на "отклик" черного ящика: не ругаются значит норм.
Но видимо сейчас где-то им это стало мешать и они хотят видеть 10 знаков для юриков - с точки зрения формата - они вправе это требовать.

Проверим на АРМ ФСС для медиков - если нормально принимают 10значные, то можно предположить, что должно нормально отрабатывать и дальше.

Татьяна, а с файлом то по какому алгоритму отрабатываете?
Импорт в АРМ ФСС и отправка через него или отправка через Контур-Экстерн?
Просто мы же свой файл напрямую не посылаем. При любом из двух сценариев файл прошел "одобрение" либо от АРМ ФСС либо от Контур-Экстерна. Единственное, Контур-Экстерн может особо не разбираться с файлом а просто выступать "транспортом" (просто пересылая без изменений/корректировок)

upd: уже почти год реестры по медикам отправляем и не было проблем с лидирующими нулями, что тоже как бы говорит, что ФСС до поры до времени было нормально и с двумя нулями.

Поправим в ближайшую поставку.

Если у вас даже краткое не влазит, то как же влезет полное?
Мы берем по следующей схеме:
1) имя то, что передается в реестре ПВСО (в реестр ПВСО передается полное, если оно не больше 255 символов)
2) если имя передаваемое в реестр ПВСО не влазит в отведённое место, то печатаем короткое.
Так что проблема именно в том что название не влазит.

Вам не надо ждать обновления от нас.
Возьмите поставочный шаблон, сохраните его с тем же именем с приставкой user_
В новом шаблоне добавьте строку сами.
Главное чтобы именованный диапазон CLAIM_ORG_NAME включал в себя новую строку.
Это должно произойти автоматически, если стоя на последней строке где печатается название вы выберете "добавить строку ниже".
Тем самым мы убиваем двух зайцев:
1) вы получаете форму куда влазит название 
2) если проблемы с нарушением унифицированности возникнут, то они возникнут только у вас, а мы не нарушаем унифицированность формы

Ну так надо звонить и узнавать что конкретно неверно с точки зрения ФНС
Николай вам все верно расписал. В последнем месяце правильная сумма 652.40.

У вас как фиксируется период за который выплачена премия? Периодом действия строки?
Попробую переформулировать требующуюся доработку: если период действия строки в которой в базовом значении стоит месячная доля премии не находится целиком в расчетном периоде, то эту премию надо включить с дополнительным коэффициентом ФРВ/НРВ. Если же период действия строки находится целиком в расчетном периоде - брать с коэффициентом 1.

P.S. Оставлю за скобками этот бред исходно внесенный в ПП922. Очевидно же, что если премия посчитана с учетом ФРВ/НРВ, то применять дополнительно ФРВ/НРВ если период за который премия не целиком вошел в расчетный - бред ведущий к занижению среднего заработка. Но у нас чиновники включают разум, только если люди доходя до ВС с подобными вещами. И то не сразу.

Каким образом вы планируете при таком подходе заполнять больничный лист? Там только один размер среднедневного заработка. А у вас получается их два. Что будете ставить туда?
Или вы не заполняете больничные?

Можете сказать как у вас считались больничные до выхода этого приказа? По 255-ФЗ или по своему отдельному приказу выплачивалось просто денежное содержание? Можете назвать реквизиты этого Приказа?
Есть ощущение что вы считали просто денежное содержание а не "по среднему".

В этом случае вам надо продолжить считать денежное содержание но уже только за первые три дня. А остальные дни будет оплачивать ФСС.
Если это так, то возможно ситуации можно будет легко исправить добавлением достаточно простой опции "При расчете больничного не начислять суммы за счет организации" (расчет этих сумм будет делаться так, как делалось вами раньше). Будет выполнен расчет только за период оплаты ФСС и сформировано пособие для отправки в ФСС (реестр ПВСО).

В следующих версиях сделаем