Да, действительно для тех кто на схеме с льготным обложением сумм свыше 1 МРОТ новый вычет сейчас не отрабатывает.
Исправляем и будем готовить обновление. Надеюсь что завтра до конца дня выйдет обновление.

модифицированная форма печати второй таблицы среднего

Положить ее в каталог TABLREF. Ну и не забывать что она у вас модифицированная.

Это же просто печать таблиц среднего по F5/

Вам должна помочь эта настройка:
Настройка -> 4. Настройки параметров расчета -> 3. Настройка расчета отпуска -> Печать таблиц для среднего

Ключевой момент "в конце расчета".
А этот "конец" в программе разный. Есть "конец" у отпуска, есть у "отдельных настраиваемых режимов" - то что вызывается через alt+f2.
А есть алгоритмы видов Н-У, которые внутри себя содержат вызов расчета среднего. Т.к. концов много, пока нет уверенности, что можно решить сразу везде.
Во всех возможных решить надо сразу?

Алексей уточните все таки в какой момент и что хотите напечатать. Если речь идет при расчете "вида по-среднему" напечатать форму в конце расчета, то кажется есть возможность помочь. 

Просто вариантов расчета "по-среднему" тьма.

Что стоит здесь?
Настройка -> 6. Общие настройки системы -> 5. Специальные настройки системы. -> Код удостоверения личности по умолчанию

И что стоит здесь?

Я скриншот сделал не этапов расчета в лицевом счете, а редактора в котором формируются/заполняются реестры для прямых выплат. В Контур-Экстерне этот редактор все таки выглядит не совсем так.
Когда я говорил про корректировку "второй таблицы", то я подразумевал, что вы откорректируете число дней здесь:

Ну в ФСС разные люди работают. Вполне возможно там работают и те, кто в глаза не видел 925н. Но мы то с вами его видели :)

51 - в случае, указанном в части 1.1 статьи 14 Федерального закона N 255-ФЗ, когда получатель пособия на момент наступления страхового случая работает на условиях неполного рабочего времени (неполной рабочей недели, неполного рабочего дня);

часть 1.1. статьи 14:
1.1. В случае, если застрахованное лицо в периоды, указанные в части 1 настоящей статьи, не имело заработка, а также в случае, если средний заработок, рассчитанный за эти периоды, в расчете за полный календарный месяц ниже минимального размера оплаты труда, установленного федеральным законом на день наступления страхового случая, а в районах и местностях, в которых в установленном порядке применяются районные коэффициенты