1) 146% что нет.
"доплата до МРОТ" это не надбавка. Это "компенсация за работу у жадного работодателя".

Михаил Иванович я плохо понял что вы написали. Выглядит как что-то странное.

По старой схеме:
"Обмен данными с ФСС (ЭЛН) – формируют реестр и заполняют кадровые данные"

Это что вообще? Какие кадровые данные ваш ОК заполнял в ЭЛН? Какой реестр они у вас при этом формировали?

Для начала. У вас что ОК, что бухгалтер работают в КЗ или нет?
О каких "кадровых данных" которые заполняет ОК идет речь?

Самый простой ответ про работу "по-новому": пока не реализована схема работы через СЭДО вы просто работаете как работали!!! (за исключением посылки сведений о застрахованном).

Я плохо понимаю зачем вы своих клиентов погнали что-то руками набивать в Контур.Экстерне.
Все сделали как раньше. Отправили реестр ПВСО и все.

Может быть имеется в виду что Экстерн умеет выгружать "запрос недостающих сведений"?

А можно документальное подтверждение. Я перешлю документальное подтверждение в ЦА ФСС. С больших трибун ЦА ФСС обещал переходный период 6 месяцев.
Можно ввернуть вашим умникам из ФСС, что никакого НПА про 15.03 тоже не существует. А "феодализма" (когда каждый регион считает что он может свои правила вводить) нам хватает и в ПФР, так что давайте как смотреть что скажет ЦА ФСС.

И глядя на то КАК работают сейчас проактивные выплаты, хорошо бы в 6 месяцев уложиться с переходным периодом. Проблем много. И эти проблемы не только на стороне бухгалтерского ПО, там хватает вопросов и к ФСС.

Как уже было сказано. 
1) либо форма написана без завершения работы Excel и без показа ее на экране пользователю. Кажется это маловероятно.
2) либо при печати эксель происходит ошибка, которую форма печати (скрипт) не ловит и как следствие не завершает работу эксель с показом результата пользователю.

Чтобы не допускать этого, блок, начиная с tCreateXlsObjects и tOpenXlsObjects, заключается в try после которого следует catch, в котором делается завершение Excel с показом пользователю.

Посмотрим на сколько сложно будет прикрутить справку сотрудников к Приложению 1.
upd: не должно быть сложно, добавил задачу в разработку.

Но в целом поддерживаю подход озвученный Игорем: первичные данные должны быть в порядке. Если вдруг потребуется создать отчет "с нуля", то вспомнить что и как правили будет нереально.

Николай ниже дал ответ по налогам. Вы не настроили в соответствии с инструкцией которая вам была дана.

На основании чего вы сделали вывод, что эти суммы должны сделать налоговую базу меньше чем общий доход?
Почему они не должны были сделать меньше общий доход?
Почему все 20 лет существования НК, суммы государственных пособий упомянутые в той же самой 217 статье НК  что и обсуждаемая, не делали налоговую базу меньше чем общий доход?
Почему из-за этого и из-за того что ФНС решила сравнивать общий доход в РСВ и 6-НДФЛ приходилось подавать объяснительные вида: "общий доход в РСВ больше чем в 6-НДФЛ потому что в РСВ в общем доходе есть декретные, а в 6-НДФЛ их нет"?