Численность организации какая?
Просто организации с десятками тысяч ЛС без каких-либо проблем работают в сетевой версии.
Кажется у вас что-то было настроено не так.
В локальном варианте тоже все работает красиво. 
Проблема некрасивости в том, что вы пытаетесь эмулировать сетевую работу через локальные базы. Вы, наверное, единственный клиент, кто работает в таком режиме.

По факту это пользователь работающий в режиме "только на чтение". Он не может ничего изменить.

Доступ пропадал. Сейчас опять восстановили.

FIPS = Федеральные стандарты обработки информации (англ. Federal Information Processing Standards, FIPS) — открыто публикуемые стандарты, разработанные правительством США, используемые всеми гражданскими правительственными учреждениями и контрагентами в США
Для чего включать эту опцию в РФ - не совсем понятно.

Заработал

ох.там всё плохо. Они слова видят, а для чего исходно эти слова придумали (дух нормативного акта) - не помнят/не знают/не понимают.

Должно быть несложно настроить
Потому что у дивидендов и остальных доходов разные сетки, и считаются они не учитывая друг друга при определении достижения 5 млн.

0) придумайте свой номер алгоритма (чтобы не пересекался с существующими). Ну например 606.
1) заведите вид Н-У в ТВХ, который будет видом НДФЛ 15% с превышения 5 млн. по дивидендам.
2) Важно! Порядок расчета у нового вида должен быть меньше, чем порядок расчета у 306 (в лицевом счете этот вид должен располагаться выше 306)
3) скопируйте настройку НДФЛ для 15% с той же даты, что и настройка с алгоритмом 206.
4) в настройке для 206 алгоритма НДФЛ найдите в списке видов, вид который добавили в ТВХ и поставьте в столбце "Доп" букву "Н".
5) в настройке для 606 алгоритма НДФЛ очистите коды доходов у всех видов кроме дивидендов (так как это сделано в настройке для 208 алгоритма НДФЛ).

Если теперь в лицевой счет заведете и новый вид и 306, то на новом виде будет считаться НДФЛ 15% по дивидендам, а на 306 только НДФЛ 15% с остальных доходов.
Если вдруг забудете добавить новый вид в ЛС, то ничего страшного не произойдет. 306 вид как и раньше посчитает 15% как с превышения по дивидендам так и по остальным доходам.
Выборка данных в 6-НДФЛ тоже будет происходить как происходила.

Если что-то не получится - пишите.

дополню, что перенос в Архив полезное действие. Освобождает вам реестр от тех пособий, по которым вы уже закончили работу.
Если вдруг потребуется сделать пересчет уже отправленного больничного, то пересчет больничного сам достанет ранее отправленное пособие из архива (снимет признак архивности) и он появится в списке и без установки галочки "показывать архивные"