1. что значит "выплаты по ГПХ" и "подарки" все в кучу?
О каком разделе (где всё в кучу) идет речь?
2. Исправление Приложения 1 даже в годовом отчете не планировали отражать на изменении Раздела 2.
3. Оттого что вы что-то поправите в Приложении 1 у вас ничего не изменится в лицевом счете. И когда вы будете готовить отчет за полгода, вы опять будете "растаскивать кучу"? А потом еще раз за 9 месяцев и еще раз за год? 

Из всего перечисленного не очень понятно только для чего может пригодиться п.2
По всему остальному у меня нет возражений :)

При сдаче за год 6-НДФЛ там будет приложение с людьми (аналог 2-НДФЛ).
Действительно переприем людей не всегда возможен. Обновить же кадровые данные не выглядит сильно сложным.
Задачу добавим.

1) В реестре ПВСО в принципе нет полного периода оплаты пособия и никогда не было. В реестре ПВСО есть период оплаты за счет ФСС, в ЭЛН же указывается полный период. Контур.Экстерн поступает "хитро" - в качестве периода оплаты, он берет полный период на который выписан больничный лист мед.организацией из ЭЛН или из аналогичных полей в ПВСО
2) Но! С переходом на 1.7.7 в реестре ПВСО для ЭЛН не заполняется информация, которая в листке нетрудоспособности заполняется мед.учреждением. Это вполне разумное и правильное требование. Зачем заставлять заполнять то, что ФСС может сам взять из ЭЛН? Соответственно в реестре ПВСО нет информации на какой период был выдан мед.учреждением ЛН и экстерну не откуда его взять в реестре ПВСО. Поэтому появилась галочка "подгрузить ЭЛН", чтобы взять этот период оттуда.
3) Есть идея проверить, на сколько ФСС строго проверяет формат. Если реестр ПВСО версии 1.7.7 будет проходить проверку у ФСС не смотря на то, что вопреки их требованиям, мы заполним некоторые поля ЛН,заполняемые мед.организацией, то будем заполнять. Но вполне возможно что потребуется доработка и на стороне Контур-Экстерн. Потому что они могут посмотреть в реестр ПВСО, увидеть что там "ЭЛН" и считать, что в реестре нет нужной для него информации по периоду и ничего не подгрузит.
4) Ну и вишенка на торте: я надеюсь не надо объяснять что период на который оформлен больничный и период оплаты больничного это не одно и тоже? Больничный выписан может быть на одни даты, а оплата была сделана по другим датам (в пределах дат больничного). Ну чтобы вы понимали, что, то что мы сделаем не решает проблему, а маскирует ее. В итоге в некоторых случаях вы можете отправить в ФСС недостоверную информацию о периоде оплаты.

Лучше задавать все вопросы, чем надеяться что в обновлении все будет. Какие-то моменты мы можем не учесть.

1. Да. Так и планировали. Есть в настройке и в справке о предприятии (как с сертификатами для ФСС). Будем брать из настройки формы если нет в справке о предприятии.
2. Исправлено
3. Если у вас организация сдает форму ЗП, то форма ЗП уже настроена и код строки будет подтягиваться точно такой же какой подтягивается для этого человека из формы ЗП. Вам надо только в настройке формы СИоЗП указать какая форма ЗП сдается этой организацией. Вот только если у вас в УПБ сдаются несколько разных форм ЗП - этот вариант сейчас не учтен. 
Для остальных код будет 600.
4. да будет поле КЧ из настройки

Если вы заполните форму размещенную на странице
https://support.kontur.ru/pages/viewpage.action?pageId=63308234
то Контур-Экстерн ее должен понять и сконвертировать правильный xml-файл.
Если вы заполните любой другой excel файл, то Контур-Экстерн его не поймет.

В 608.7 от 25.03 вышел первый вариант отчета.
Сегодня 29.03 будет следующий и инструкция

xls ихнего собственного формата. У них все блоки на одном листе.
Мы пока такой xls не формируем.