Второй раздел 6-НДФЛ слабо связан с первым. Во втором разделе информация об удержании НДФЛ, в первом - об исчислении. Первый сверяется с 2-НДФЛ, но не со вторым. Чтобы сверять со вторым надо чтобы в организации удержание проходило в тех же месяцах, когда доход и налог исчислялись. А это далеко не всегда так.

НДФЛ считается по людям всегда в полных рублях, поэтому я не совсем понимаю зачем считать его с 4 знаками после запятой, если это никакого отношения к настоящему НДФЛ уже не будет иметь.

Контур-Экстерн не может корректно посчитать НДФЛ для строки 040. У вас расчет ведется отдельно по каждому работнику, с округлением до рубля. Контур-Экстерн взял общую сумму дохода всех работников и умножил на ставку налога и округлил до рубля.

Пример:

У каждого работника доход 6543.21. НДФЛ 851 рубль. Таких работников 10.

Общий доход 65432,10. Общий НДФЛ 8510. 

А Контур-Экстерн Вам скажет: 65432,10*0,13 = 8506,173

Проверяйте НДФЛ налоговыми регистрами если не уверены в правильности сумм.
Сумму в 6-НДФЛ в строке 040 можно сверить по сводной справке 2-НДФЛ (формируете 2-НДФЛ по тем же самым людям, только печатаете не отдельные справки 2-НДФЛ, а сводную справку).

Здравствуйте, Любовь!

Программа может формировать отчетность 2-НДФЛ и 6-НДФЛ автоматически относя работника на нужное ОКТМО-КПП.

Если в каждом календарном месяце одного работника будете относить всегда к одному ОКТМО-КПП, то для этого достаточно настроить разбивку по полю кадровой части.
Вызовите из программы помощь (F1) и на вкладке "Поиск" наберите ОКТМО. Среди найденных результатов выберите 6-НДФЛ. Все что касается разбивки по ОКТМО справедливо как для 6-НДФЛ, так и для 2-НДФЛ.

В вашем случае, если подойдет настройка разбивки по полю кадровой части. Вам достаточно будет всем ЛС поставить что до сентября они относились к головной организации, а с сентября каждому ЛС поставить свое значение (к какой организации он стал относиться). В этом случае данные до сентября будут попадать в головную организацию, а с сентября с разбивкой.

Если у вас есть закрепленный за вами специалист, то лучше чтобы первоначальную настройку и объяснение как работать с несколькими подразделениями выполнил он.

Если речь была про то, что копировать себе из сохраненки: всегда беру поставочный zpl, удаляю поставочные Z1,Z2 и копирую туда все из сохраненки. 

Отобрать "неправильные", через массовую корректировку сделать правильными? И после этого спокойно работать с отбором?

Речь про сотрудника иностранца? За которого надо платить 6 месяцев взносы, прежде чем у него возникает право на оплачиваемые больничные?.
Если сумма больничных была возвращена - значит у вас получается "минус" на необлагаемых суммах. Можете этот минус вообще спрятать в какой-нибудь "древний" 2010 год, чтобы его просто не было. Неточность в необлагаемых суммах не влечет обязанности подавать корректировки. Ну то есть сейчас вы делаете вид, что этой отрицательной необлагаемой суммы просто не было в 2018 году. Если вдруг, когда-нибудь выездная проверка обнаружит, что у вас необлагаемая сумма завышена на сумму этого "минуса", то это ни к каким последствиям не ведет. База остается неизменной, страховые тоже. Обязанности сдавать корректировки не возникает. Штрафовать - ну в крайнем случае 500 р за недостоверность отчета, хотя ФНС вроде как уже высказывалась что недостоверностью в РСВ считается либо ошибки в перс.данных работников, либо ошибки в суммах базы и/или страховых.

Важно: этот минус обязательно надо учесть в Приложении 2 в расходах по соц.страху. Так как он влияет на ваши взаиморасчеты с ФСС.

Выходит 598.3. Попробуйте там отправить результаты расчета.

В нашем случае нельзя пользоваться rwlsbuf. В этом и проблема.

Обновление ТН для ЭЛН без табельных сделаем.

Неправильно будет, если вы это не оформите юридически правильно. То есть если просто так, с бухты барахты взять и начать ставить все 3 подписи одним КЭПом - это неправильно.

ФСС не имеет возможности при приеме результатов расчета проверить законно ли используется один КЭП для трех подписей или нет. Но при какой-нибудь выездной проверки они могут уточнить на каком основании главный бухгалтер ставит подпись за руководителя под ЭЛН.
Ну то есть здесь могут быть нарушения по использованию ЭЛН (наказания вроде нет, подпись может считаться недействительной), или неправомочное подписание своим КЭПом за руководителя. Ну из "бумажной жизни" - это если кто-то в организации подпишет какой-то документ за руководителя не обладая соответствующими полномочиями. Во что это выльется в финансовом выражении - не знаю. Когда пойдут проверки, тогда и узнаем.
Ну это я к тому, что если пользуетесь одной подписью, лучше это все зафиксировать какими-то локальными документами.

Разобрались. Поправим в следующем обновлении.

Только настройка будет немного другая.

В "Контур-Экстерн" у Вас в рег.номере стоит номер "головной" организации. В Контур-Зарплата оставим как есть - пусть стоит рег.номер обособленного подразделения. Мы просто добавим настройку рег.номер вышестоящей организации.