Проверить соответствие рег.номера номеру ЭЛН мы не сможем.
Наверное в случае, если мы говорим что такой ЭЛН уже есть в реестре нам надо переключаться на соответствующую организацию (чтобы проще было его найти и удалить).

Если сертификат юридического лица есть на каждом рабочем месте расчетчика, то вариант добавления ЭЛН через расчет выглядит самым оправданным.

Предположу, что указано что профсоюзные в кассовую ведомость надо выбирать пропорционально выбираемым суммам дохода. То есть к профсоюзным применился коэффициент сумма отпускных/общая сумма дохода, который и мог дать разницу в копейки.

Ночные и сверхурочные за месяц присутствуют в каком-либо виде НУ в графе РВ? Можем сделать так, чтобы выбирались из вида начисления.

Существующий расчет пени настраивается на ведение только через долг организации (998 вид) и ориентируется только на задержки по выплате зарплаты (аванс и окончательный расчет).

Прочие задержки (отпускных, больничных) автоматический расчет пени никак не учитывает, и учить пока не планировали.
В случае с отпускными возможно есть смысл посмотреть в сторону какой-нибудь таблицы массовой обработки.
По факту нам нужна следующая информация: 

ТН - сумма к выплате - плановая дата - фактическая дата. 

Имея эту информацию можно посчитать сумму пени, а потом разнести посчитанную сумму в лицевой счет.

МРОТ 11163.

11163*24/730 = 367

11163*1.15*24/730 = 422.05

сумма дохода работника маленькая, расчет ведется по МРОТ

Да, Вы правы в том, что, так как это другое ОКТМО-КПП, то данные каждого работника должны формироваться двумя налоговыми регистрами (один налоговый регистр по одному ОКТМО-КПП, другой по-другому). У нас сейчас НДФЛ считается "один лицевой - один налоговый регистр".
Но в Вашем случае ведение нескольких регистров по одному человеку (ну или другими словами "считать как будто он только что принят с другого места работы") не спасает. Потому даже если посчитать в программе, как будто в предыдущих месяцах нет сумм, у Вас все равно будет погрешность и сумма не пойдет.

Я же выше привел пример на основании сумм за 1 месяц. Там предыдущие месяцы вообще никак не фигурировали:

У каждого работника доход 6543.21. НДФЛ 851 рубль. Таких работников 10. Общий доход 65432,10. Общий НДФЛ 8510. А Контур-Экстерн Вам скажет: 65432,10*0,13 = 8506,173

Суммы совпадут только в том случае если погрешность суммарная "плюсовая погрешность" по попавшим в отчет людям совпадет с суммарной "минусовой погрешностью" по попавшим в отчет (вероятность этого очень мала) или если в отчет попадет только 1 человек. 

Восстановить из страховой копии ZPL или найти подходящую копию в каталоге zpl\BACKUP\Previous\LS\ (но лучше с помощью сопровождающего специалиста). Если после удаления больничного данный лицевой счет больше не изменялся (не перезаписывался), можно выполнить восстановление Ctrl+F7 - "Восстановление ЛС" - и выбрать в качестве каталога "....zpl\BACKUP\Last\LS\000000\" там выбрать файл соответствующий табельному этого ЛС.

Любовь, а почему у Вас раздел 2 пустой? Все выплаты за сентябрь были уже в октябре что ли? Ни одной выплаты в сентябре не было?

Этого предупреждения у Вас и правда не возникло бы, если бы хотя бы одна строчка во втором разделе была.

Нет в программе режима "восстановить удаленный больничный".

Больничный можно либо заново посчитать, либо восстанавливать лицевой счет на состояние "до удаления".

Вы налога удержали ровно столько сколько положено. Контур-Экстерн не имеет возможности правильно посчитать сумму налога, так как у него нет информации отдельно по каждому работнику, учтенному в первом разделе 6-НДФЛ.

Когда Вы говорите про погрешность равную нулю я не совсем понимаю что  Вы имеете в виду.
Когда вы считаете НДФЛ отдельно по работнику, вы делаете округление до полного рубля. В этот момент у вас появляется погрешность не больше чем "плюс минус 0.5 рубля", если сравнивать с суммой без округления.

Когда вы считаете НДФЛ умножая общую базу по всем работникам на ставку, то там как раз НДФЛ будет посчитан "без округления".

Другими словами, сумма, стоящая в строке 040, может отличаться от суммы посчитанной как "общая база * ставку" на 0.5 * количество работников. Отличие может быть как в большую сторону так и в меньшую.