Ваши комментарии

При открытии ЛС создается файл рядом с ним с расширением .tmp и блокируется на запись, при закрытии ЛС файл освобождается и удаляется, но если какой нибудь антивирус его откроет то вполне возможны описанные симптомы. Необходимо программу(rscalt\newamba.exe) добавить в доверенные

Дополнительно проверьте что в Windows отключены "автономные файлы"

может в SCRIPT\user\STARTUP.S этот скрипт отключен
быстрее было бы приложить сохранение настроек (или просто папки script\user)

Можно сделать отдельную форму свода содержащую поле КЧ "Табельный номер" + "источник" и выгружать такой свод в excel в сводную таблицу где уже получать любые нужные срезы данных (и фильтры по источникам и расшифровку сумм)

Сейчас в программе графа взыскано заполняется в зарплатной ведомости и в ведомости по набору видов если были отмечены алименты в набор (при включенной Настройка -> 5. Настройки таблиц и форм печати -> 3. Настройки платежных (кассовых) ведомостей -> Учет предыдущих ведомостей).
Расчет за перую половину месяца у вас сохраняется в ЛС как полный расчет? или ставите всю сумму на руки на отдельный вид?
Если делать как обычный расчет, то для аванса можно формировать ведомость "Зарплата" - она запомнит в лицевом счете какие суммы по ней выплачены по каждому виду и в следующую ведомость уже учтет эту информацию и не примет их повторно. Для 6-НДФЛ пока что нужно менять дату такой авансовой ведомости на такую же как у зарплатной.

расчет отпуска для интеграции выполняется из скрипта integration.s в функции SysIntegrProcessOneOtpusk

глядя на нее можно написать свою функцию расчета отпусков из таблицы в функцию разноски

да, нужно изменить функцию разноски. флаги BE_MACTIVE|BE_FREESUM  заменить на BE_EXACT|BE_REPLACE

После такого только с помощью выборки "В9. По виду - по месяцам нач./прин."
занулить лишние суммы кассы в прошлом месяце минус и в текущем плюс

у выборки нужно для ТН написать функцию разноски W_TN()

Сервис поддержки клиентов работает на платформе UserEcho