ИМХО нет тут "нового" в фразе "на дату представления отчета".
Отчет делится на две части: "исчисленный" НДФЛ и "удержанный" НДФЛ
Что касается исчисленного НДФЛ: для него важна "дата фактического получения дохода". Для отчета за 9 месяцев, нас интересуют "даты фактического получения", начиная с 01 января по 30 сентября.
Если говорить про зарплату, то зарплата за сентябрь "фатически получена" 30 сентября, даже если еще не выплачена. Ну то есть в части исчисленного НДФЛ сентябрьскую зарплату точно не надо делить на "уже выплаченную" и "еще не выплаченную".

"Незарплата" "фактически получена" в день когда "фактически выплачена". Ну то есть если у вас есть "незарплата" выдаваемая с задержкой, то эта "незарплата" влияет на формирование базы для исчисления НДФЛ именно "когда выплатили, тогда и надо включить в базу". Но это было, что до этого письма, что сейчас остается.

Если говорить про удержанный НДФЛ, то НДФЛ удерживается в дату выплаты дохода. И в 6-НДФЛ надо включать удержанные суммы НДФЛ, которые произошли с 01 января по 30 сентября.

Письмо не предполагает, что в отчете вы начнете показывать суммы НДФЛ "исчисленные" за октябрь или "удержанные" в октябре, просто потому, что отчет все таки за 9 месяцев а не "с начала года по дату подачи отчета".

Стало понятнее или всё, как и раньше, непонятно?
Тему можно закрывать?

Пока звучит как "ничего непонятно".
Может быть какие-то более конкретные "непонятки" есть?
Давайте начнем с простого.
Вы и ваши бухгалтера понимают в чем разница между "фактическая выплата дохода" и "фактическое получение дохода"?
Фактическое получение дохода - это когда доход принимается к учету в налоговой базе. В этот момент НДФЛ начинает "видеть" этот доход и это влияет на сумму исчисленного НДФЛ.
Что является датой фактического получения дохода - у вас в НК целая статья есть, за номером 223.
Фактическая выплата дохода - это когда организация доход выплатила (платежка на перечисление ЗП, выдача через кассу и т.д.).
Про фактическую выплату дохода статьи отдельной нет. Но зато про эту дату мы точно знаем, что в этот момент мы должны уже удерживать НДФЛ..

Вопрос на засыпку: совпадают ли в общем случае дата фактического получения дохода и дата фактической выплаты дохода?
Правильный ответ: нет, не совпадают. Самый яркий пример: зарплата.

А что мы видим в письме?
"в том числе в виде заработной платы, которые начислены и фактически выплачены физическим лицам (получены физическими лицами) на дату представления расчета"
Что следует из выделенного жирным шрифтом? 
Если я правильно воспринимаю русский язык, то здесь ставится знак равенства между "фактическим получением" и "фактической выплатой" и я могу читать эту фразу и как:
"в том числе в виде заработной платы, которые начислены и фактически выплачены физическим лицам на дату представления расчета" 
и как
"в том числе в виде заработной платы, которые начислены и фактически получены физическими лицами на дату представления расчета"
Я читаю как второй вариант. Вы и ваши бухгалтера, почему то выбрали прочтение в виде первой фразы.

В пользу моего прочтения выступает: 
1) с прошлого года НК в части формулировок по получению/выплате дохода не изменился. И нет никаких предпосылок кардинально менять в заполнении 6-НДФЛ
2) В порядке заполнения 6-НДФЛ (и это в том числе видно и в письме) говорится про фактическое получение дохода
3) Если вы сторонник первого прочтения то у вас в тексте письма строится логическая связь вида: "В разделе 2 «Общие суммы дохода и налога по итогам налогового периода» Приложения № 1 указываются общие суммы начисленного и фактически полученного дохода," ->> "Из указанных положений следует, что налоговый агент отражает в расчете суммы доходов, в том числе в виде зарплаты, которые начислены и фактически выплачены физлицам на дату сдачи 6-НДФЛ.
Вы в логике перехода "нас просят заполнять по фактически полученному доходу, поэтому в форме надо заполнять по фактически выплаченному" не видите ничего противоречивого?
4) Письмо это не НПА. Хочу применяю, хочу не применяю. 

Отказ от приема 10значных явно нарушает их собственных требований к формату: \d{10,12} - то есть они ждут от 10 до 12 цифр.
Дополнение нулями до 12 было сделано скорее "по аналогии" с реестрами ПВСО. Но в реестрах ПВСО там только 12 символов. Поэтому такая аналогия была не очень законной. Мы скорее смотрели на "отклик" черного ящика: не ругаются значит норм.
Но видимо сейчас где-то им это стало мешать и они хотят видеть 10 знаков для юриков - с точки зрения формата - они вправе это требовать.

Проверим на АРМ ФСС для медиков - если нормально принимают 10значные, то можно предположить, что должно нормально отрабатывать и дальше.

Татьяна, а с файлом то по какому алгоритму отрабатываете?
Импорт в АРМ ФСС и отправка через него или отправка через Контур-Экстерн?
Просто мы же свой файл напрямую не посылаем. При любом из двух сценариев файл прошел "одобрение" либо от АРМ ФСС либо от Контур-Экстерна. Единственное, Контур-Экстерн может особо не разбираться с файлом а просто выступать "транспортом" (просто пересылая без изменений/корректировок)

upd: уже почти год реестры по медикам отправляем и не было проблем с лидирующими нулями, что тоже как бы говорит, что ФСС до поры до времени было нормально и с двумя нулями.

Поправим в ближайшую поставку.

Если у вас даже краткое не влазит, то как же влезет полное?
Мы берем по следующей схеме:
1) имя то, что передается в реестре ПВСО (в реестр ПВСО передается полное, если оно не больше 255 символов)
2) если имя передаваемое в реестр ПВСО не влазит в отведённое место, то печатаем короткое.
Так что проблема именно в том что название не влазит.

Вам не надо ждать обновления от нас.
Возьмите поставочный шаблон, сохраните его с тем же именем с приставкой user_
В новом шаблоне добавьте строку сами.
Главное чтобы именованный диапазон CLAIM_ORG_NAME включал в себя новую строку.
Это должно произойти автоматически, если стоя на последней строке где печатается название вы выберете "добавить строку ниже".
Тем самым мы убиваем двух зайцев:
1) вы получаете форму куда влазит название 
2) если проблемы с нарушением унифицированности возникнут, то они возникнут только у вас, а мы не нарушаем унифицированность формы