Ну так надо звонить и узнавать что конкретно неверно с точки зрения ФНС
Николай вам все верно расписал. В последнем месяце правильная сумма 652.40.

У вас как фиксируется период за который выплачена премия? Периодом действия строки?
Попробую переформулировать требующуюся доработку: если период действия строки в которой в базовом значении стоит месячная доля премии не находится целиком в расчетном периоде, то эту премию надо включить с дополнительным коэффициентом ФРВ/НРВ. Если же период действия строки находится целиком в расчетном периоде - брать с коэффициентом 1.

P.S. Оставлю за скобками этот бред исходно внесенный в ПП922. Очевидно же, что если премия посчитана с учетом ФРВ/НРВ, то применять дополнительно ФРВ/НРВ если период за который премия не целиком вошел в расчетный - бред ведущий к занижению среднего заработка. Но у нас чиновники включают разум, только если люди доходя до ВС с подобными вещами. И то не сразу.

Каким образом вы планируете при таком подходе заполнять больничный лист? Там только один размер среднедневного заработка. А у вас получается их два. Что будете ставить туда?
Или вы не заполняете больничные?

Можете сказать как у вас считались больничные до выхода этого приказа? По 255-ФЗ или по своему отдельному приказу выплачивалось просто денежное содержание? Можете назвать реквизиты этого Приказа?
Есть ощущение что вы считали просто денежное содержание а не "по среднему".

В этом случае вам надо продолжить считать денежное содержание но уже только за первые три дня. А остальные дни будет оплачивать ФСС.
Если это так, то возможно ситуации можно будет легко исправить добавлением достаточно простой опции "При расчете больничного не начислять суммы за счет организации" (расчет этих сумм будет делаться так, как делалось вами раньше). Будет выполнен расчет только за период оплаты ФСС и сформировано пособие для отправки в ФСС (реестр ПВСО).

В следующих версиях сделаем

Численность организации какая?
Просто организации с десятками тысяч ЛС без каких-либо проблем работают в сетевой версии.
Кажется у вас что-то было настроено не так.
В локальном варианте тоже все работает красиво. 
Проблема некрасивости в том, что вы пытаетесь эмулировать сетевую работу через локальные базы. Вы, наверное, единственный клиент, кто работает в таком режиме.

По факту это пользователь работающий в режиме "только на чтение". Он не может ничего изменить.

Доступ пропадал. Сейчас опять восстановили.

FIPS = Федеральные стандарты обработки информации (англ. Federal Information Processing Standards, FIPS) — открыто публикуемые стандарты, разработанные правительством США, используемые всеми гражданскими правительственными учреждениями и контрагентами в США
Для чего включать эту опцию в РФ - не совсем понятно.