Сложно сказать. Вы ничего не написали как был начислен исходно больничный. По схеме ПВСО или по зачетной.
Если по зачетной, то много чего меняется кроме номера больничного.

Добрый день, Елена!
Я правильно понимаю, что речь идет по больничным отправленным в виде реестра ПВСО?
В настоящий момент основная сложность как программе понять - отправили бухгалтера больничный или нет. Программа же еще не сама отправляет. Она только позволяет экспортировать файл.

Как вы или ваши бухгалтера это видят?
Бухгалтера готовы вручную выставлять статус "Отправлен в ФСС"?

Сейчас в программе есть статус "архивные". Может быть вашим клиентам подойдет схема работы: как только отправили реестр - перевести запись в архивные? Тогда без всяких распечаток клиент будет видеть "ага, эти больничные уже отправлены"?

Если вы пользуетесь фиксацией выплаты ведомостями, то не очень понятно о каком размазывании вычетов идет речь. Вы сформировали ведомость куда вошли отпускные и прочий доход? Или в ведомости только сумма отпускных? Если только сумма отпускных, то в 6-НДФЛ попадет ровно та сумма НДФЛ, которая была в этой ведомости.

Возможно вы не пользуетесь этой возможностью:
Настройка -> 5. Настройки таблиц и форм печати -> 3. Настройки платежных (кассовых) ведомостей -> Разрешить считать упрощенный налог (13%)
И при формировании ведомости по отпускным были применены вычеты, так как до этого других ведомостей в месяце еще не было?

1) Интересная информация. Спасибо. Я думал в данном случае ФСС должен был послать запрос на уточнение, так как ваш расчет не совпал с их.
2) В данной ситуации пересчет уже на ваше усмотрение. Можно просто дождаться обновления и пересчитать (прогнать именно через режим перерасчета) При пересчете изменятся суммы как в самом лицевом счете, так и то пособие, которое ранее создала программа.

1) зависит от статуса реестра ПВСО. Выплата произведена? Если да - то ФСС захочет возмещения. Если нет - можно еще успеть подать корректирующий
2) как будет удобнее-быстрее. Можно откорректировать путем пересчета больничного в лицевом, либо прямо в списке пособий ПВСО в Контур.Зарплате (не забыть поставить признак корректировки и причину корректировки). Ну или то же самое можно сделать непосредственно в Контур.Экстерн.
3) Я не могу так ответить. Свой то доход совсем маленький был? расчет по МРОТ шел? Если да, то средний дневной будет 458.61 (как вы посчитали). Процент от стажа какой? 100%, 80%, 60%?
Минимальная сумма пособия за январь: 12130*1,15/31 = 449,98 - за один день. 449.98*12 = 5399,76.
Поэтому если 100% оплата идет, то выплачивать надо 458,61*12 = 5503,32
4) продление то к этому же пособию? Если нет - то без разницы. Если к этому же - думаю, что тоже без разницы, так как оплата идет по каждому отдельному листку.
5) Зависит от ситуации. Если процент оплаты меньше 100, то будет неправильно. Чтобы гарантировать правильность лучше с 01.01.2021 завести настройку 12130*КОЭФ_ЗАНЯТОСТИ*(1+РК). 
Потому что сейчас то проблема в том, что вместо 12130 для января мы возьмем 12792. Поэтому можно просто в формуле в настройке указать конкретный размер МРОТ (12130).

Из того проекта что мы видели, там только небольшие изменения по кодам доходов и вычетов.
Сама форма не менялась.
Проект еще в опубликованных не замечен.

Мы обычно добавляем в поставку информацию по уже опубликованным нормативным актам.
2004 код дохода пока существует в проекте. Публикации еще не видели.

Скорее всего да.

Корректирующий реестр ПВСО посылать.
По новому больничному если обновление еще не выйдет, проверить сумму за январь. При необходимости откорректировать во второй таблице (там где периоды оплаты больничного).