1) оба сертификата удалите и установите один раз из контейнера с приватным ключем.

2) Интеграция с Контур.Персонал никак не задействует шифрование. Шифрование могут использовать ваши сиcтемные администраторы для того чтобы обеспечить доступ к серверу SQL. Значит надо попросить сис.админов обеспечить доступ к SQL серверу с выключенным FIPS.

Вы первый раз с ЭЛН на этой машине работаете? Если нет, то что сделали с машиной системные администраторы, что все перестало работать?

А если по двум людям готовить, в П-4 два встанет или все так же 1?
Если я правильно помню в П-4 не может быть нулевая среднесписочная при наличии сумм.

1) на скриншоте выбора сертификата у вас показано ДВА одинаковых сертификата. Удалите тот, который без приватного ключа и выбирайте оставшийся.
2) По поводу вашей исходной ошибки гугл находит решения.
Например вот: https://www.etlpro.ru/community/faq-po-dnd-jetl-professional-net/system-invalidoperationexception-dannaja-realizacija-ne-javljaetsja-chastju-protestirovannyh-kriptograficheskih-algoritmov-windows-platform-fips

Стали передавать, вопреки необязательности периоды нетрудоспособности в реестре ПВСО и для ЭЛН.
Галочку в Экстерне вроде как ставить уже не надо.

Игорь, так если у тебя сделано, точно надо в поставке?
Касается только Челябинска похоже?
И формы у нас нет, и порядка заполнения.

У нас к этому вопросов пока больше. Это же опять куча настроек "кого не включать форму", "по какому столбцу заполнять", "как считать среднемесячную".
Глядя на твой скриншот еще и вопрос возникает "и причем здесь СНИЛС"? (он где-то левее-правее)?

Дашь форму и порядок? Мы хотя бы взглянем на нее.

З.Ы. неофициальные слова/эмоции я даже не готов озвучить.

думаю не надо ссылку. 
Надо исправлять.

До конца апреля должны включить в поставку

1) У вас наверное настроена разбивка по ОКТМО сотрудников.
2) В той разбивке что настроена у какого-то сотрудника получаются ссылки на 4,5,6 и т.д. предприятия.
Что в настройках формы 2-НДФЛ для разбивки по ОКТМО стоит? Надо плясать от этого.

Сформируйте старую "обычную" справку 2-НДФЛ за первые три месяца по этим людям.
Там будет видно какие доходы в какие месяцы встали.
Данные во втором разделе 6-НДФЛ должны были заполниться так, как вам старая 2-НДФЛ покажет (если конечно речь не идет о превышении 5 млн. рублей).

Обращаю ваше внимание, что Приложение 1 для квартальных отчетов формируется "справочно". В сам отчет он не идет. Приложение 1 сдается по итогам года.

да. Только какое отношение имеет таблица платежей к 6-НДФЛ?
В 6-НДФЛ не дата платежа же нужна, а срок уплаты.