1) У вас наверное настроена разбивка по ОКТМО сотрудников.
2) В той разбивке что настроена у какого-то сотрудника получаются ссылки на 4,5,6 и т.д. предприятия.
Что в настройках формы 2-НДФЛ для разбивки по ОКТМО стоит? Надо плясать от этого.

Сформируйте старую "обычную" справку 2-НДФЛ за первые три месяца по этим людям.
Там будет видно какие доходы в какие месяцы встали.
Данные во втором разделе 6-НДФЛ должны были заполниться так, как вам старая 2-НДФЛ покажет (если конечно речь не идет о превышении 5 млн. рублей).

Обращаю ваше внимание, что Приложение 1 для квартальных отчетов формируется "справочно". В сам отчет он не идет. Приложение 1 сдается по итогам года.

да. Только какое отношение имеет таблица платежей к 6-НДФЛ?
В 6-НДФЛ не дата платежа же нужна, а срок уплаты.

Пересчитанный доход как учитывается по месяцу принадлежности или месяцу начисления?
Все же очень просто: смотрится доход с начала года на каждый месяц. Если в месяце с начала года больше 350 000 - за этот месяц вычет не предоставляется.
Предположу что у вас поставлено что доход облагается по месяцу начисления поэтому то, что вы сделали пересчет в апреле за март, абсолютно никак не меняет налоговую базу марта.
Либо менять признак обложения, либо корректировать отрицательный пересчет с помощью 277 вида (универсальный доход). Поставить на него пересчитанную сумму с "+" в апрель и с "-" в март. 

1. что значит "выплаты по ГПХ" и "подарки" все в кучу?
О каком разделе (где всё в кучу) идет речь?
2. Исправление Приложения 1 даже в годовом отчете не планировали отражать на изменении Раздела 2.
3. Оттого что вы что-то поправите в Приложении 1 у вас ничего не изменится в лицевом счете. И когда вы будете готовить отчет за полгода, вы опять будете "растаскивать кучу"? А потом еще раз за 9 месяцев и еще раз за год? 

Из всего перечисленного не очень понятно только для чего может пригодиться п.2
По всему остальному у меня нет возражений :)

При сдаче за год 6-НДФЛ там будет приложение с людьми (аналог 2-НДФЛ).
Действительно переприем людей не всегда возможен. Обновить же кадровые данные не выглядит сильно сложным.
Задачу добавим.

1) В реестре ПВСО в принципе нет полного периода оплаты пособия и никогда не было. В реестре ПВСО есть период оплаты за счет ФСС, в ЭЛН же указывается полный период. Контур.Экстерн поступает "хитро" - в качестве периода оплаты, он берет полный период на который выписан больничный лист мед.организацией из ЭЛН или из аналогичных полей в ПВСО
2) Но! С переходом на 1.7.7 в реестре ПВСО для ЭЛН не заполняется информация, которая в листке нетрудоспособности заполняется мед.учреждением. Это вполне разумное и правильное требование. Зачем заставлять заполнять то, что ФСС может сам взять из ЭЛН? Соответственно в реестре ПВСО нет информации на какой период был выдан мед.учреждением ЛН и экстерну не откуда его взять в реестре ПВСО. Поэтому появилась галочка "подгрузить ЭЛН", чтобы взять этот период оттуда.
3) Есть идея проверить, на сколько ФСС строго проверяет формат. Если реестр ПВСО версии 1.7.7 будет проходить проверку у ФСС не смотря на то, что вопреки их требованиям, мы заполним некоторые поля ЛН,заполняемые мед.организацией, то будем заполнять. Но вполне возможно что потребуется доработка и на стороне Контур-Экстерн. Потому что они могут посмотреть в реестр ПВСО, увидеть что там "ЭЛН" и считать, что в реестре нет нужной для него информации по периоду и ничего не подгрузит.
4) Ну и вишенка на торте: я надеюсь не надо объяснять что период на который оформлен больничный и период оплаты больничного это не одно и тоже? Больничный выписан может быть на одни даты, а оплата была сделана по другим датам (в пределах дат больничного). Ну чтобы вы понимали, что, то что мы сделаем не решает проблему, а маскирует ее. В итоге в некоторых случаях вы можете отправить в ФСС недостоверную информацию о периоде оплаты.