В следующих версиях сделаем

Численность организации какая?
Просто организации с десятками тысяч ЛС без каких-либо проблем работают в сетевой версии.
Кажется у вас что-то было настроено не так.
В локальном варианте тоже все работает красиво. 
Проблема некрасивости в том, что вы пытаетесь эмулировать сетевую работу через локальные базы. Вы, наверное, единственный клиент, кто работает в таком режиме.

По факту это пользователь работающий в режиме "только на чтение". Он не может ничего изменить.

Доступ пропадал. Сейчас опять восстановили.

FIPS = Федеральные стандарты обработки информации (англ. Federal Information Processing Standards, FIPS) — открыто публикуемые стандарты, разработанные правительством США, используемые всеми гражданскими правительственными учреждениями и контрагентами в США
Для чего включать эту опцию в РФ - не совсем понятно.

Заработал

ох.там всё плохо. Они слова видят, а для чего исходно эти слова придумали (дух нормативного акта) - не помнят/не знают/не понимают.

Должно быть несложно настроить
Потому что у дивидендов и остальных доходов разные сетки, и считаются они не учитывая друг друга при определении достижения 5 млн.

0) придумайте свой номер алгоритма (чтобы не пересекался с существующими). Ну например 606.
1) заведите вид Н-У в ТВХ, который будет видом НДФЛ 15% с превышения 5 млн. по дивидендам.
2) Важно! Порядок расчета у нового вида должен быть меньше, чем порядок расчета у 306 (в лицевом счете этот вид должен располагаться выше 306)
3) скопируйте настройку НДФЛ для 15% с той же даты, что и настройка с алгоритмом 206.
4) в настройке для 206 алгоритма НДФЛ найдите в списке видов, вид который добавили в ТВХ и поставьте в столбце "Доп" букву "Н".
5) в настройке для 606 алгоритма НДФЛ очистите коды доходов у всех видов кроме дивидендов (так как это сделано в настройке для 208 алгоритма НДФЛ).

Если теперь в лицевой счет заведете и новый вид и 306, то на новом виде будет считаться НДФЛ 15% по дивидендам, а на 306 только НДФЛ 15% с остальных доходов.
Если вдруг забудете добавить новый вид в ЛС, то ничего страшного не произойдет. 306 вид как и раньше посчитает 15% как с превышения по дивидендам так и по остальным доходам.
Выборка данных в 6-НДФЛ тоже будет происходить как происходила.

Если что-то не получится - пишите.